宋朝奸臣贾似道被迫出兵应战，但很快战败。至元十三年（1276），临安陷落，宋恭帝被俘。之后，宋朝大臣文天祥与张世杰、陆秀夫等继续在东南沿海坚持抗元，拥立益王赵昰为帝。赵昰死后，
又拥立卫王赵昺，继续抗战。至元十五年（1278），文天祥兵败被俘，被囚于大都三年之久，拒绝了元朝的诱降，后从容就义。至元十六年（1279），元将张弘范指挥元军在崖山消灭了宋朝最后的抵抗
势力，陆秀夫背着8岁的幼帝赵昺投海殉国，宋朝灭亡。之后，元军曾进攻过周边一些地区，如安南、占城、爪哇和日本等，其中以试图入侵日本的战争最为着名。元朝于1274年和1281年两次入侵日本，
但皆因内部不和、不习水战，以及遭遇颱风等而遭致惨败。（有学者认为：为忽必烈建造战舰的高丽人有意建造和设计质量极其低劣的船是导致忽必烈的蒙古舰队葬身鱼腹的主要原因)。灭宋之后
元灭宋后，统治阶层出现了以许衡为首的儒臣派与以阿合马为首的理财派官员之争。由于元廷需要赏赐大量财宝予各封王，加上开支繁重，所以财政日渐紧张。以汉人及汉化的蒙古人为主的儒臣派
官员认为元朝应该节省经费、减免税收。反之以色目人为主的理财派官员认为，南人藏有大量财物，应没收以解决朝廷的财政问题。于是这个问题在元朝廷中没有停止。元薛禅汗信任色目官员阿合
马，设立尚书省解决财政问题。而儒臣则以受汉化更深的太子真金为核心形成一派，与阿合马抗衡。结果阿合马被刺杀，而真金也于其后得病而死。元世祖仍然先后任用汉人卢世荣、西藏人桑哥等理财
派官员以之来解决朝廷的财政问题。至元三十一年（1294）元薛禅汗驾崩。由于太子真金早死，帝位由各方争夺。最后，群臣在真金的长子晋王甘麻剌及三子铁穆尔之间选择，由于铁穆尔受元薛禅
汗下赐皇太子宝及镇守和林。故晋王甘麻剌退让，铁穆尔即位为元完泽笃汗。元完泽笃汗在位期间基本维持守成局面，并下令停止对外战争，罢征日本、安南，专力整顿国内军政，减免江南部分赋
税。他执政末年还成功与长期敌对的窝阔台汗国和察合台汗国讲和，结束了西北的动乱局面。
元朝中后期
大德十一年（1307），完泽笃汗死，前太子真金之孙海山即位于元上都，是为元曲律汗。并立其弟爱育黎拔力八达为皇太子，约定兄终弟及，同时又约定爱育黎拔力八达死后，帝位復归武宗之子和
世剌。元曲律汗即位后，随即加封孔子为“大成至圣文宣王”，并对孔子的家族、弟子等加封了种种称号。他为了摆脱财政危机，下令重新设立尚书省，并印发至大银钞，结果导致至元钞大为贬值
。至大二年（1309），他与察合台汗国瓜分了窝阔台汗国，窝阔台汗国从此灭亡。至大四年（1311），普颜笃汗即位，但违背前约，封和世剌为周王，令其出镇云南，而改立自己的儿子硕德八剌为
皇太子。普颜笃汗即位后，生母兴圣皇太后的重臣铁木迭儿为右丞相。普颜笃汗取消了曲律汗的经济措施，并将曲律汗长子周王和世琜徙居云南，但和世琜在途中起兵前往西北游牧。普颜笃汗把和世琜
之弟图帖睦尔放逐至南方，立自己的儿子硕德八剌为皇太子，破坏了与曲律汗相约先立和世琜继位，再传位硕德八剌等之约。延佑二年（1315），曲律汗下令恢復科举制度，将儒家学说中的程朱理
学定为考试的主要内容。从此程朱理学成为大元的官方思想。延佑七年（1320），普颜笃汗死，硕德八剌即位，是为元格坚汗。元格坚汗继承了其父普颜笃汗的以儒治国政策，加强中央集权和官僚
体制，并于至治三年（1323）下令编成并颁布元朝正式法典——《大元通制》，共2539条。他还下令清除朝廷中铁木迭儿的势力，但随着清理的扩大，再加上朝廷中的蒙古保守势力对元格坚汗以儒治国
的施政不满，导致铁木迭儿的义子铁失在至治三年（1323）夏天趁格坚汗去上都避暑之机，在上都以南15公里一个名叫南坡的地方，刺杀了格坚汗及宰相拜住等人，史称南坡之变。元格坚汗被行刺后，
镇守和林的晋王甘麻剌的长子，真金的长孙，也孙铁木儿率兵南下，杀掉行刺元格坚汗的叛臣后即位，是为叶顺铁木耳汗。叶顺铁木耳汗即位后，封被普颜笃汗放逐到海南岛的图帖睦尔为怀王，镇守建
康。泰定五年（1328），叶顺铁木耳汗死。丞相倒剌沙在上都奉泰定帝之子阿剌吉八为帝，而与此同时，元曲律汗的旧部重臣燕帖木儿与河南行省丞相伯颜则分别秘密向漠北和江南遣使，同时迎接
周王和世剌与其弟图贴睦儿。结果，图贴睦儿先至大都，在天历元年（1328）自立为帝，是为元札牙笃汗。而和世剌抵达和林后，也宣布即位，是为和元西拉古图土。札牙笃汗表面上表示愿意退位，奉
兄为帝，两人遂相会于上都之南，札牙笃汗毒死西拉古图土后称帝。札牙笃汗重祚以后，大兴文治。天历二年（1329）二月，札牙笃汗设立了奎章阁学士院，掌进讲经史之书，考察历代治乱。又令
所有勋贵大臣的子孙都要到奎章阁学习。奎章阁下设艺文监，专门负责将儒家典籍译成蒙古文字，以及校勘。同年