二十年，清兵分别由贝子彰泰、赖塔、赵良栋统领，由粤、湘、蜀进攻吴三桂老巢——云南，二月吴世璠自杀，函首入京，吴三桂被掘坟析骨。长达8年之久的三藩之乱终于结束。
平定三藩过程中，以前驰骋沙场一往无前的八旗兵已现出畏葸不前的暮气。图海、赖塔、穆占这些八旗将领还能敢打敢拼，战绩突出，而勒尔锦、尚善、喇布则畏敌如虎。勒尔锦、尚善抵达荆州三年都不敢过江，仅作壁上观。勒尔锦被革去郡王，羁禁，尚善革去贝勒，喇布统兵数万，竟多次败于仅有4000兵的高大节，被召还京师。相反，绿营却表现出勇猛顽强的气势。康熙帝及时地鼓舞绿营。康熙十五年五月，令兵部查明功次，及时议叙。起巨大作用的绿营将领除西北的张勇、赵良栋外，湖北地区的有蔡毓荣、万正色、徐治都，浙江有施琅、姚启圣、吴兴祚，广西有傅弘烈等。绿营共有40万投入战斗，在关键时刻起了作用。攻打云贵时，“绿营步兵居前，旗兵继之，所向皆捷”。
三藩平定巩固了清朝对全国的统治，为尔后开展行政和财政改革，驱逐沙俄在黑龙江的侵略势力，解决西北边疆问题，开拓疆土奠定了基础。
施琅取台湾
康熙二十二年（1683）康熙帝以施琅为水师提督，攻取台湾，完成了台湾与大陆之间的政治统一大业。
施琅（1621-1696）福建晋江人。初为明总兵郑芝龙左衝锋，顺治三年降清。郑成功招施琅不至，郑成功将他父亲、弟弟及子侄都给杀了。
台湾自古是中国土地，明末为荷兰殖民主义者霸占。为了建立抗清復明根据地，顺治十八年三月郑成功进攻台湾，赶走荷兰殖民主义者，收復了台湾。康熙元年五月，郑成功病逝。郑成功死前，长子郑经在厦门，与乳母通，产下一子，郑成功知道后很生气，令人把郑经杀了，诸将保护郑经没杀。台湾黄昭、萧拱宸伪造郑成功遗诏拥立郑经弟郑世袭为护理国事。讣至厦门，郑经承袭“延平王”爵位。他以全斌为右军都督，陈永华为咨议参军，冯锡范为侍卫，准备东渡台湾（讨伐郑世袭等人）。这时清靖南王耿继茂、闽浙总督李率泰派人来劝降。郑经表示愿效法朝鲜，做属国，进贡。清朝方面当然不同意。冬十月，郑经赴台，捕获郑世袭、黄昭、萧拱宸等人。
陈永华善治国，在他的辅佐下郑经剷除荷兰在台湾的殖民主义势力，开展经济文化建设，大力垦殖，种蔗製糖，又与英国、菲律宾群岛开展贸易。
十七年十月，金门、厦门为耿继茂、李率泰与施琅、黄梧所取。清军“堕两城，弃其地，收宝货妇女而还”。金门、厦门失守后郑经加强了澎湖的防卫，在妈宫港建垒，筑炮台。十八年荷兰将领波尔德与清军合攻台湾，因台湾固守，率舟北上，到普陀山，遇飓风覆没。
从十九年起，施琅就开始疏请攻台。掌管台湾军事的大将刘国轩知道施琅意图，在澎湖沿岸筑短墙，置腰铳，建起壁垒（围墙）二十多里。此时三藩尚未平定，康熙帝当然还不能马上实施这一方案。二十年正月郑经病死，十月三藩平定，郑经死后，台湾内讧。本来在郑经应吴三桂约出兵闽粤期间，台湾政事委任于长子郑克。郑克贤明，有治才。7年后郑经回到台湾也还是由郑克管理政事。郑经死后应该由他主政。但部将刘国轩、冯锡范擅权，杀了郑克，而立只有12岁的郑经幼子郑克塽。这时，解决台湾问题提到康熙的议事日程。二十年七月，康熙以施琅为水师提督。福建总督姚启圣对于攻台也很积极。施琅似乎更积极。到二十一年十月，他先后四次请求专征。议政大臣会议支持他，大学士明珠支持他，康熙帝也答应了他的请求，并指示施琅相机进剿。此外康熙要求姚启圣在钱粮方面大力支持。十一月姚启圣给施琅解到银9万两，另外提供了25000两用于奖赏。
六月的澎湖风急浪高，不是用兵时候，但施琅就是要打个敌人意料之外的仗。二十二年六月早晨，施琅率领2万余水军，二百三十隻船集结铜山。蓝理自告奋勇充当前锋。次日申时（下午三时到五时）施琅率军乘风破浪抵达澎湖西南的猫屿和花屿海面，即取八罩屿与锚泊地。刘国轩以为他已在澎湖沿岸设了那么坚固的防御工事，现在又是八罩屿大风大浪季节，施琅无论如何也不可能在八罩屿停舟。郑军将领要求乘清军立足未稳的时候先发制人，刘国轩不同意。他要以逸待劳，不战而收全功。
十六日施琅率军进攻澎湖。蓝理率领7条舰船冲入敌阵。大风衝散了蓝理船隻，郑军舰船合围过来。施琅指挥舰船救援。流铳射中施琅眼睛，仆倒。蓝理去救，腹被大炮打中，肠都出来了。郑军将领曾瑞大喊：“蓝理死矣！”蓝理扶着弟弟起身，大呼：“蓝理在，曾瑞死矣！”众皆感奋，奋勇向前。郑军将领林升身中三箭，郑军混乱。施琅引军而还。施琅奖励蓝理2000两。
十七日施琅用甲衣裹头，集中将士分兵四路，再次进攻。蓝理要求上战场，施琅坚决要他留下。施琅严申军令，总兵以下退缩的斩首。刘国轩率领船二百余艘，官兵二万列阵以待。两军海战开始，烟火蔽日，呼声震天。开始时风朝清军吹来，海浪大起，但施琅坚持战斗，呼天相佑。随后风向反转，施琅令火器船进攻，火桶、火罐扔向郑军，郑军大败。清军伤亡二千一百多人，