然而，正当赵高准备了结李斯案件的时候，二世却忽然心血来潮，派人来到了咸阳狱。赵高闻讯，吓得非同小可，他生怕李斯再次翻供，给案件的审理带来预想不到的麻烦。赵高虽已架空二世，自掌大权，但二世仍然是皇帝，掌握着生杀予夺之大权，谁能担保天上没有雷霆？赵高暗怨二世没有事先和他打招呼，深悔自己粗心大意，消息闭塞，导致今天的猝不及防。
值得庆幸的是，事情的发展不像赵高担心的那么严重。二世的使者见到李斯后，李斯根本没有推翻自己的口供，一口咬定自己确属有罪。李斯是被骗怕了、被打怕了，误以为二世的使者还是赵高的密探，吐露真情只能再度遭受毒打。
李斯可悲地失去了一次向二世申辩的机会，儘管这机会未必能够给他带来命运的转机。
赵高得到详情，心里像是一块石头落了地。他吸取了以往的教训，不敢再疏忽耽搁，在使者离开咸阳狱以后，马上带着李斯的认罪书去见二世。
这天，二世正在六英宫中，秦二世有个"宏愿"，他要在一年内住遍八百里关中的三百离宫，饱览各宫之胜，遍幸各宫娇娃。他预计每日一宫，日日换新居，天天餐美色。他现在所居的六英宫是秦昭王所建。秦昭王在位五十六年，较有政绩，留下过许多值得记取的治国佳话和深刻教训。其中有一件应看作是他的一大失误：在他继位第七年的时候，他在六英宫中接见了一位赵国的使者，与其进行了长时间的、毫无戒备的谈话。后来他才知道，此使者原来是赵国国君赵武灵王装扮的，赵武灵王此行的目的是刺探秦国虚实，了解秦昭王其人，制定从北面迂迴攻秦的计划。秦昭王深悔自己疏忽，马上加强了对赵国的防范，后因赵武灵王死于宫廷政变，秦国才未受到赵国的攻击。
此事之后，秦昭王令史官记录在册，以此警示子孙，切勿安而忘危。
二世胡亥住进六英宫后却全然不像他的先王那样注重国家安危。他感兴趣的是充实在宫中专供皇帝临幸的美女，还有以宫名命名的具有独特风味的陈年佳酿。
二世早已把派人去咸阳狱的事放在脑后，直至使者前来向他禀报时他才忽然记起，他没有过多地追问，只是说，既然李斯已经认罪，那就按律令处置吧。他说得很轻鬆，全然不似处置一位久在相位的重臣。
赵高到六英宫时几乎是与二世的使者脚前脚后。赵高装作郑重其事的样子将所谓案情经过作了详细禀报，并呈上有李斯签名画押的"认罪书"，请二世过目。
二世阅毕，对赵高甚为感激，说："郎中令为国除害，忠心可嘉，这次要不是你，我几乎被李斯出卖！"
赵高献媚地说："臣心中只有陛下，臣活着就是为了陛下的安乐。恶人一日不除，臣寝食不安！"
二世拉着赵高的手，说："赵卿，你真是朕的知心之臣啊！"
"陛下，李斯罪状已成，该作何处置？"赵高见二世对此案已确信无疑，终于抛出正题。
二世道："赵卿熟知狱事，依律当处何罪？"
赵高恶狠狠地说："具五刑、腰斩、灭族！"
"那就依卿所奏！"二世满口应允。
赵高又问："李斯之子李由伙同其父通盗、资盗，罪不容诛。此人在三川郡，仍为郡守，不知是否也应将他抓获归案？"
"那还用说？赶紧去三川郡把他抓来不就完了？"二世仍然是那样轻鬆。
李斯父子的命运就这样荒唐而草率地被确定下来。赵高既得二世圣旨，一面将李斯打入死牢，准备处死；一面派人火速前往三川郡，去抓李由。
三川郡还是老样子：民不聊生，"盗贼"遍地。"盗贼"是官府对那些起来造反的百姓的诬称。实际上，腐败透顶，鱼肉百姓的秦廷官僚才是天下之大盗，祸国之蟊贼！他们一方面肆意地颠倒着是非曲直，另一方面向"大逆不道"的人们举起了屠刀，意欲除之而后快。
身为郡守的李由自然是站在官府一边。他并未像赵高诬陷的那样"通盗"、"资盗"，却是疯狂地对反秦百姓进行镇压。他残忍地杀死了很多义军士卒，同时又陷入疲于应付、进退维谷的困境。郡中诸城不断受到义军的攻打，而郡中兵马有限，士气低落，多数情况下都是龟缩城中，不敢与义军交战。到了秦二世二年（公元前208年）秋天的时候，李由的日子更不好过了。这时候，项梁义军已渐壮大，拥立了楚怀王之孙心为楚怀王，定都盱眙，自号武信君。项梁先是采纳了谋士张良的建议，占据了韩地，接着又在东阿、濮阳击破章邯军，乘胜攻打定陶，再破秦军。与此同时，项羽、刘邦则率部大败秦军于砀郡之雍丘，并浩浩荡荡地向三川郡杀来。
郡守李由哪能抵挡住这支队伍的进攻？项羽年轻有为，英勇无比；刘邦老成持重，多谋善断。加之义军正处于大胜之后，士气高涨，一经交战，三川郡兵便被打得落花流水，李由也被杀死在阵中。
赵高的使者到达三川郡时，李由已成刀下之鬼，使者见三川郡如此危急，不敢耽搁，赶紧潜回咸阳，向赵高报告了这一切。
赵高并不担心义军会打到咸阳。他只是为未能亲手杀死李由感到遗憾。不过，李由既死，也了却他的一块心病，眼下，只剩儘快处斩李斯的事了。