8月下旬，左右两路军通过了渺无人烟的水草地。右路军到达班佑、巴西、阿西地区；左路军主力到达阿坝地区。刘伯承随左路军行动。26日，右路军进行了上包座战斗，歼灭胡宗南部5000余人，缴获大批武器和物资。
9月3日，张国焘藉口噶曲河涨水不能通过，命令已进到嘎曲河附近的部队返回阿坝。同时致电中共中央，公开反对党的北上方针，提出“右路军乘胜回击松潘之敌，左路军备粮后亦向松潘前进。”他还命令已东进到墨洼附近的红五军部队返回阿坝，准备南下。9月8日，他又致电徐向前、陈昌浩，命令“一、三军暂停向罗达前进，右路军即准备南下。”当天，中共中央致电张国焘，明确指出：“左路军如果向南行动，则前途极不利。”隔了一天，中共中央再次致电张国焘：“目前方针只有北上是出路，向南则敌情、地形、居民、给养都对我极端不利，将要使红军受空前未有之困难环境。”9月11日又发出命令：“中央为贯彻自己的战略方针，再一次指令张总政委立刻率左路军向班佑、巴西开进，不得违误。”张国焘竟置之不理，下令右路军中第四方面军部队随他南下。从而分裂了党，分裂了红军。
9月中旬，张国焘在阿坝召开了中共川康省委扩大会议，会议在一个喇嘛庙里举行。会场上挂着一条横幅：“反对毛周张博北上逃跑！”省委、省苏维埃、法院、保卫局、妇女和儿童团的负责人都到了会，以壮声势。张国焘在会上说：“毛儿盖会议是错误的，北上是行不通的，还是要南下，建立天（全）芦（山）雅（安）根据地，相机向四川发展。”一些受蒙蔽的与会者，在张国焘的蛊惑下，吵吵嚷嚷，围攻朱德、刘伯承，并逼他们表态。朱德从容不迫、大义凛然地说：“我是共产党员，中央北上的决定，我认为是正确的。北上才有出路，你们一定要南下，我也没办法，但南下是没有出路的。”接着，刘伯承说：“我同意北上，从全国形势来看，北上有利，南下是要碰钉子的。薛岳、李抱冰并没有走，向南走，就会碰到薛岳和川军，打得好可以蹲一段，打不好还得转移北上。”会议在张国焘的操纵下，通过了“决议”，污衊北上是“右倾逃跑”、“机会主义”，鼓吹南下才是“进攻路线”。会后，大批调换甚至逮捕、杀害拥护中央北上路线的干部，然后，南下再过草地，9月下旬，到达台塘、松冈、党坝一带。
张国焘的政治野心恶性膨胀，10月5日在松冈附近的卓木碉，公然另立“中央”，宣布开除毛泽东、周恩来、张闻天、博古的党籍，致电中共中央宣称：“此间已用党中央、少共中央、中央政府、中央军委、总司令部等名义对外发表文件，并和你们发生关係。”为了支撑“中央”的门面，张国焘强加给朱德、刘伯承许多头衔。但朱德、刘伯承临大节而不辱，拒绝承认张国焘的“中央”，呼吁红军要团结一致，党要团结一致，共同打击敌人。张国焘对刘伯承怀恨在心，不久，就将刘伯承的总参谋长职务免去，调任第四方面军红军大学校长。这是刘伯承第二次被撤掉总参谋长职务，算上南昌起义自然失掉参谋长职务那一次，已有三次之多。后来他曾总结说：“三参总戎幕，一败两罢官。”
10月24日，张国焘发起天（全）芦（山）名（山）雅（安）战役，还扬言要占领成都。刘湘为阻止红军入川危及他的统治，在蒋介石的支持下，倾全力对抗。他调集王瓒绪、唐式遵、李家钰等部，集中80个团于名山及其以北夹门关、太和尝百丈等地区。两军展开连续激战。其中百丈之战最为惨烈。历时7昼夜，虽给敌以重大打击，红军也付出了极大的代价，伤亡四五千人。百丈战斗之后，四川军阀主力集中于东面名山、邛崃地区，薛岳部6个师在南面雅安和天全以南地区，第五十三师李抱冰部在西南面康定、沪定地区，分别加紧封锁，准备大举进攻。南下红军这时东进南下均不可能，处境转入被动。所控制的懋功、丹巴、宝兴、天全、芦山等县，多为藏族聚居区，人口不过数十万，物产不丰，粮食、被服补给发生极大困难，战士一日两稀一干，都难乎为继。藏族上层反动分子纠集武装，不时与红军筹粮部队发生衝突。在这样的地区建立根据地显然是不可能的。这时候，不断传来陕北的胜利消息：毛泽东、周恩来率领第一、三军团在陕北与红二十五、二十六、二十七军会合，粉碎敌人对陕北根据地的第三次“围剿”，歼敌1个师又1个团，陕北根据地发展到20多县，红军亦有壮大。许多指战员听到这些消息后窃窃私议：“还是中央路线胜利了。”1936年1月22日，中共中央电令张国焘，取消非法组织，迅速率部北上。24日，共产国际代表张浩（林育英）也致电张国焘，说明“国际完全同意中央政治路线”，不承认他另立的“中央”。张国焘在走投无路的情况下，被迫于27日致电中央，表示“原则上同意”中共中央的路线，并放出“急谋党内统一”的空气。
2月，第四方面军红军大学在天全红岩坝开学。由于部队的大量伤亡和非战斗减员，官多兵少，许多干部只好放在学校里保存起来。刘伯承利用一切机会，宣传北上抗日的正确性，用中央红军北上发展与第四方面军南下受损作对比，用第四方面军南下前后的情况