接下来，由刘伯承作报告。他主要讲了整党整军、总结作战经验和提高干部水平等问题。要求各级领导干部一定要把整党整军搞好，以高昂的政治情绪去迎接新的斗争。他勉励大家要加强学习，学政治，还要学军事，把形势和任务认清，把战略思想搞通，弄懂战役组织指挥和战术协同动作，克服勇敢有余、智谋不足的缺点，适应大兵团作战的新形势。
动员后，刘伯承、陈毅还参加了第二纵队党委扩大会议，听取了纵队领导的批评和自我批评，也当面指出了纵队有的领导之间的关係不够融洽等问题。他们的指示，推动了第二纵队的整党整军工作。
在这以后，中原军区团以上干部以纵队为单位，进行了半个月至20天的查整。按照刘伯承提出的“三层亮”的办法，开展了批评与自我批评。人人敞开思想，个个不留情面，将影响部队团结和进步的问题一一揭露出来。各纵队领导带头自我解剖，有的查出摆老资格、特功自傲、放鬆纪律的错误；有的检查出不能正确认识坚持大别山斗争的意义，反而采取抱怨领导和消极避战的态度；有的检查出只想单独建功立业，不愿与主力配合作战的思想：有的检查出打胜仗就骄傲，遇挫折就消沉的不良情绪；还有的检查出领导班子不团结，抗上压下的现象。
刘伯承因势利导，既肯定了查整的成绩，又指出了新的目标。他在总结中说：“今后的问题，是如何在这一基础上改善领导作风，巩固和发扬己有的成果，克服种种坏习惯、坏风气。”他还特别提醒大家：“建设新的习惯和作风，比起破坏旧的习惯与作风，仍然不是容易的事，要有极大的坚持力才行。”
中高级干部进行这样痛快淋漓的自我批评和思想交锋，在中原部队历史上还是第一次。许多人放下了包袱，开动了机器，决心以新的姿态去迎接新的战斗。
中高级干部的深入查整，带动了部队的进步。各部队及时进行了时事教育和整顿支部的工作。时事教育以学习“人民解放战争两周年的总结和第三年的任务”为中心，经过讲解、报告，小组和连、营军人大会的讨论，战士们对胜利形势有了进一步的认识，斗志更为昂扬。整顿支部工作，也是采取批评与自我批评的方式，发动群众评议支部领导和党员。许多表现好的党员、干部受到了群众的表扬和鼓励，一些有缺点的党员、干部受到了应得的批评。
这样，使党员与非党群众都受到了深刻的教育，进一步密切了党群关係，切实改进了支部的领导作风。
在抓紧政治整训的同时，刘伯承大力抓了军事整训工作。7月28日，他颁发了中原军区一个月整训工作大纲，明确规定了“步兵部队着重基本技术之精练与提高，即着重射击、投弹、刺杀，特等射手与普通爆炸手的建立，地形利用，工事构筑和单个战斗”。要求机枪手、炮兵、工兵、侦察员等专业兵员，各自完成本职基本技术的练习。对营以下各级指挥员，严格规定“除精密组织与检查部队实际训练外，应着重进行村落战、街市战、对防御敌人进攻诸攻坚战斗之研究与作业，并配合研究洛阳、昌潍、临汾、宛西诸战役的经验教训，在部队基本技术之训练告一段落时，则进行联合动作的实兵指挥与实战演习。”
他更重视指挥机关和指挥人员的训练。针对即将到来的大兵团作战，他指出：“作战由口令时代进到指挥时代，现在是组织时代。大兵团作战，如不健全司令部工作是不能操胜算的”。9月10日，他亲自起草和颁发了《中原军区野战军关于四个月指挥工作的命令》。命令指出：“我们处在由小规模的作战转变到大规模的各兵种协同动作的运动战、攻坚战的关头。??我们野战军必须在战斗及其间隙中，在各级党委领导与首长集中指挥之下，在士兵委员会三大民主运动的基础上，进行下述的四个月（自10月至明年1月底）的指挥工作”。命令对作战、后勤、训练、司令部工作的进一步提高都提出了详尽的要求。在这个命令中，还特别批评了某些干部中存在的官僚主义倾向。认为这是妨碍部队提高训练水平和作战水平的大敌。指出：“现在我们各级干部有些是高高在上，闭户幽居，不深入所属部队，不了解实际情形进行研究，因而也不能对所属部队进行活生生的适应机宜的指导与帮助，更不能谈到在检查中做出正确的、简单明了、具体扼要的总结与改善工作。这样脱离群众的官僚主义，各级干部必须痛切反省与切实纠正。”
上述一系列的部署和措施，表明了他把训练当作即将进行的战略决战的最基本的准备。他常常批评有些干部不重视训练的思想和行为，反覆指出，“不教而战是为弃之”。我们的指挥员只会一个字“冲”，究竟怎样冲法？
敌人在哪里？一个娃娃长到十七八岁不容易，在一衝主义下白白送了命，怎么对得起革命，对得起人民？
在这些繁忙的领导工作的同时，刘伯承还潜心于战略战术的研究。他小屋里的灯光常常亮到夜阑更深。他认真学习、领会中共中央9月政治局会议提出的争取5年胜利和继续发展外线进攻的新方针，仔细翻阅历年来的战役、战斗总结和敌情资料。他还选读苏军的报刊文章，借鑑苏军在第二次世界大战中实施大规模歼灭战的经验，在自己的笔记本上密密麻麻记下许多心得。在他的胸中，正孕育大规