中共中央西南局于2月初召开了全体会议，研究了西南局的工作任务和西南军政委员会的组成问题。刘伯承作为西南局统战部长，提出了遴选党外人士参加军政委员会的意见。他说：“西南军政委员会对党外人士提名，亦采取德、才、资的干部政策。不过党内德、才、资是统一的，而党外人士德、才、资是有矛盾的。功过折算谓之德，有代表性是谓资。按照德、资提名，量才分工。”会议采纳了他的意见，使军政委员会组成比例和人选问题得到了顺利的解决。中共中央在得到西南局关于遴选军政委员会党外委员的方针的报告后，立即表示讚许，并批转其他地区参照执行。
1950年2月8日，西南军政委员会宣告成立。这一天，多雾的重庆出现了罕见的晴朗天气，旭日的光芒驱散了山城上空的阴霾。西南各界代表沐浴着春晖，兴高采烈地聚集到重庆市人民路西南军政委员会的驻地。刘伯承主席，邓小平、贺龙、王维舟、熊克武、刘文辉、龙云等副主席，亲切地同委员一一握手相见。成立仪式热烈而庄重。刘伯承作了西南军政委员会成立经过和基本任务的报告。他说：在西南工作山接收转入管理，并且建立集中统一管理的时候，军政委员会急需建立，也利于各方面的代表人物迅速安位。
但由于情况了解不够，够格和适宜的人选需要酝酿讨论，所以军政委员会的建立相对延迟。关于军政委员会的基本组织原则，既能保证党的领导，又能团结各方面的人士，委员中党内外人士大约各占一半。还考虑到照顾地区，照顾党外各方面的人物：起义军人、工商界人士、文教专家、少数民族、民主党派。这个人选比例，主要依据代表性适当放宽了尺度，但又是宽而不泛。
比如工人委员，暂时选不出合适的人选，便没有硬凑，因为共产党员就代表了工人阶级。鑑于部分委员因事或外出没有出席，刘伯承对军政委员会的基本任务只是重申了剿匪和征粮工作。总的任务，他说留待全体委员会议再去确定。
西南军政委员会成立后，相继建立了各个机构，认真选拔了一批贤能人才，分别承担起各个方面的领导管理工作。
对西南区所属的云南、贵州、西康、川北、川南、川西、川东等7个省区以及下属的各级政权建设，刘伯承根据中共中央的指示和西南局的决定，采取了军队“分区包干”的办法，即将一定建制的部队，固定在一定地区，在同级党委领导下，负责城市接管和农村工作，建立党的组织，建立政权，发动群众，建立工会、农会和其他民众团体。建立军区、军分区和人民武装力量。肃清土匪，征收公粮，帮助农村春耕，恢復和发展生产。
刘伯承号召驻西南全体部队说：艰巨的任务正安排在我们面前，90万起义、投诚、俘虏的部队急需改造，7000万的群众尚待发动，土地改革必须在明冬后春完成。而当前的肃清匪特、巩固治安和急不待缓的征粮工作，都有待于军队为主去参加完成。当我们战败了武装的蒋介石集团后，彻底消灭封建的战略任务已经放在我们当前的日程上了。
各部队紧紧抓住了剿匪这个当务之急，坚决执行“野战军地方化”“领导一元化”的指示，和“军事清剿、政治攻势、发动群众三结合”的剿匪方针，首先在腹心富庶地区与交通线两侧，集中兵力重点围剿肃清危害最大的匪帮。西南军区所属的川东、川西、川南、川北、西康、云南、贵州等7个军区，采取灵活机动的战术，或对集团匪徒进行围剿、进剿，或远途奔袭，直取匪特巢穴，或对流窜匪特穷追不舍，不歼不止。至1950年8月底，西南全区共歼土匪40万余，有力地打击了匪特的凶狠气焰。8月以后，剿匪斗争转入大规模边沿围剿和深山进剿。以后，在西南军区司令员贺龙、政治委员邓小平的领导下，全体指战员英勇战斗，积极发动群众，依靠群众逐步完成了艰巨的剿匪任务，从而根除了大两南的严重的匪患。
刘伯承出身农家，熟知西南农村的状况和农民的疾苦。旧社会剥削阶级的反动统治，灾荒频仍、兵连祸结，以致千里萧条、民不聊生。他决心以强有力的组织措施迅速恢復和发展农业生产，使广大城乡人民的生活有一个较大的改观，他在抓好城市生产的同时，抽出足够的力量逐步把工作重点放到农村。除要求所有驻军起到工作队的作用外，还抽调了许多干部，动员了大批工人、学生，到农村去开展工作。明确要求农村工作必须从基层做起，盛区以下各级领导机关在春耕期间，只留少数人员处理日常工作，大部分人员逐级下去督促，指导农业生产，并结合进行清匪治安、生产救灾、合理负担、反恶霸地主、改选旧保甲，以实际行动取得广大农民群众的信赖和拥护，然后适时地筹建农民协会，向封建地主势力夺回农村的统治权，为尔后的土地改革创造条件。
经过各级党委、政府的认真领导和广大干部、农民群众的努力，西南地区农村的面貌发生了较快的变化，1950年的春季作物获得了丰收。在6月中旬的中共中央七届三中全会上，刘伯承报告说：“在农业生产方面，一般的年景是很好的，达到了七成收成，这个现象已是很好的了。由于我们西南军政委员会把生产指示和减租减息政策一公布，又有少奇同志‘五一’干部大会关于经济问题的讲话，农