一时间，朝廷上下议论沸腾，传播中外，甚至引来朝鲜使者的高度关注。
太仆卿李幼滋见状坐卧不安，作为张居正的好朋友兼儿女亲家，拖着病体赶往张府，责问张居正：“首辅为什么做这种事？”
张居正迷惑不解：“我做了什么？”
李幼滋道：“朝廷捉到乱闯宫门的人，您下令追查幕后主使，现在东厂声称主使就是高阁老。将来人们肯定把陷害旧僚的罪名算到您头上，到时候您如何辨解？”
刚送走了李幼滋，张府就收到首辅挚友陆光祖的急信：“此事关係重大，希望相公能竭力挽救。万一不能保全旧相，相公虽有苦衷，恐怕也有苦难言。我为此事忧心忡忡，夜不能寐，我与相公深交已久，所以才敢冒昧相告，并不是为了旧相高阁老。”
在朝的吏部尚书杨博、左都御史葛守礼也按捺不住心头焦慌，共同走访张居正，为高拱申辩。张居正听着二老的慷慨陈词，沉默不言，良久怏怏不乐道：“我素来敬重二位，可为什么你们认为是我要害高拱呢？”
杨博说：“我们并不是这个意思，只是现在除了先生以外，无人能救高阁老！”
张居正面色愈加严峻，陷入深深的沉思。二位大人来意已明，他们退到一旁悄悄地观察首辅的神色，不知首辅的沉默到底是凶是吉……
张居正认识到了事态的严重性，之前之所以沉默，无非是想撇清王大臣与爱将戚继光和自己的瓜葛，但现如今若继续沉默下去，失去的就可能是自己多年积攒下来的政治声望，两害相权取其轻，张首辅下决心要雪高拱冤屈，迅速上疏制止：“要是追查过急，恐怕会波及无辜，有伤天地和气。”
一纸疏文远远不够，万一政治同盟冯保执意咬定高拱不放，株连蔓引，一发不可收拾。这怎向天下苍生交代？又怎样面对昔日的知己？但如若因此与司礼太监交恶，未来的改革之路便横生困阻，如何才能既救得高拱，又不得罪报仇心切的冯保，成了张居正面前的一道难题。
焦虑中，张相爷想到一个有能力解决困局的最好人选——刑部主事郑汝璧。郑汝璧初入仕途就以出众才华受到张居正器重，张居正找他来一同谋划。小郑机警，拍拍胸脯向首辅担保：“这事不难，我心中自有办法。”
张居正半信半疑地看着信心十足的小郑，苦思冥想，指令耿介正直的锦衣卫左都督朱希孝等官员去东厂，会同冯保一起会审王大臣案，希望德高望重的朱都督能主持公道，牵制冯保。
荒唐的审判
覆审那天原本风和日丽，朱希孝一到东厂，忽然间乌云滚滚、狂风阵阵，紧接着就风雨交加。
东厂的问刑官白一清看到这种天象，对两个问刑千户感嘆：“天意如此，高阁老是顾命元老，此事本捕风捉影，勉强诬陷，我辈都有身家妻子，他日难免杀头之祸。二位受冯公公厚恩，当向冯公公进忠言才是。”
覆审开始，法官、陪审、犯人各就各位，这时，本该严肃、庄重的法庭，居然上演一出闹剧。在正式审问之前，犯人要拉下去先揍五百大板，这叫“杀威棒”，先杀杀犯人的锐气。
闹剧就此开场：王大臣一看自己尚未供述，就要先莫名其妙地挨顿毒打，张嘴就嚷：“不是许我官做？怎还打人？”
高坐堂上的冯保一愣，定了定神，赶紧转移话题，大吼：“王大臣！谁主使你进宫行刺皇上？从实招来！”
王大臣挣扎着大吼：“就是你主使的！你怎又来问我？”
那边冯保还在硬撑着审问：“我问你，昨日你还说是高阁老命行刺皇上，今日为什么要翻供？”
王大臣一句比一句狠：“那些话都是你教给我的，我怎么可能认识高阁老？”
朱希孝见状不妙，担心王大臣激动之下，把隐情和盘托出，厉声喝道：“这奴才，连问官也攀扯，一派胡言，只该打死。”
又对冯保说：“冯公公，这厮精神错乱，胡言乱语，不必问他。”
在一片尴尬声中，会审草草收场。
冯保恐怕事情败露，正好此刻，刑部主事郑汝璧如及时雨一般出现了。他把王大臣引到隐蔽处，把他的舌头剪掉。次日会审诘问，王大臣含糊不復能语，把真相永远闷在了腹中。
不到两个月，王大臣就被正法处死，此案不了了之。高拱一家得以保全，善居乡里；他的门生故旧被震慑而有所收敛。一场可能导致无数人头落地的悲剧被扼杀在萌芽期。
闹剧戛然而止，大家的议论却从未停息，不少人指责张居正幕后操纵，以图杀人灭口，永保相位；也有认为张相同情高阁老，摒弃恩怨，援手相救。
明熹宗天启年间（1621-1627年）大学士朱国祯曾这样描述，王大臣一案，高拱说是张居正藉此陷害他；张居正又称是自己息事宁人解救了高拱。
抛开恩怨的双方，真相到底如何？不妨翻阅最权威的第一手官方文献《万历起居注》：“至是，罪止一身，余无所问，中外之人背始贴席，咸翕然颂上仁恕，而归辅臣保护之力焉。”认为是皇帝的仁慈和辅臣的调护，及时制止了悲剧发生。
目睹此事全经过的申时行、于慎行等朝廷高官也一致认为，冯保害人，张居正不计前嫌救助高拱。只是闹剧之后被别有用心之徒给越描越黑，最终演绎成了张居正心狠手毒害同僚，阴谋未遂转向虚心假意伸手援助的骇人戏剧。