这时，一个比首辅丧父更为重要的政治难题浮出水面：首辅面临着丁忧还是夺情的艰难选择。
明代的丁忧制度，规定朝廷官员的父母亲如若死去，无论此人任何官何职，从得知丧事的那一天起，必须回到祖籍守制二十七个月，是为丁忧。守孝期满后，再出来视事，谓之起復。
自古忠孝难两全。丁忧制度的执行适逢国家利益，也有让路的先例。而这种无奈的让路，古代有个专业术语——夺情。
所谓夺情，就是夺取其亲子之情，移为别用的意思。这是古代的权宜办法，一般只能用在将帅出征之时，为免因父母之丧而贻误军机，皇帝往往命令那些人移孝作忠，不必回家守孝，仍在前方戴孝从戎，也就是我们在影视作品中常常听到的“金革之事不避”。文官如阁臣夺情，有明一朝，也并非没有夺情先例：
宣德元年（公元1426年）正月，礼部尚书兼武英殿大学士金幼孜，母死丁忧，宣宗下诏夺情起復。
宣德四年（公元1429年）八月，内阁大学士杨溥以母丧丁忧去，随即夺情起復。
成化二年（公元1466年）三月，内阁大学士李贤遭遇父丧，宪宗下诏起復。
万历小皇帝此刻羽翼未丰，身边可以依靠的除了生母李太后，就只有张先生了。他深知，国家不可一日无首辅张先生，虽然自己已经十五岁了，但国家大政和御前教育，仍需首辅襄助，倘若此时首辅回家守制，自己怎能轻易掌握庞大的国家机器？于情于理，小万历都不愿张先生丁忧归里。
其实早在张居正得知父死噩耗的次日，其他两位内阁辅臣吕调阳、张四维就奏明皇上，引用先朝杨溥、金幼孜、李贤夺情起復故事，请求皇上谕留张居正。万历接到吕调阳、张四维的奏疏后，随即下旨：“元辅张先生亲受先帝付託，佐朕冲年，安定社稷，关係至关重要。何况又有往例，卿等亟当为朕劝勉，不可太过悲伤。”
他又入情地写了手札给张居正：“朕今览二辅所奏，得知先生之父，弃世十余日，痛悼良久。先生哀痛之心，当不知何如！然天降先生，非寻常者比，亲承先帝付託，辅朕冲幼，社稷奠安，天下太平，莫大之忠，自古罕有。先生父灵，必是欢妥，今宜以朕为念，勉抑哀情，以成大孝。朕幸甚，天下幸甚。”
接着，万历皇帝又谕吏部：“朕元辅受皇考付託，辅朕冲幼，安定社稷，朕深切依赖，岂可一日离朕而去？父制当守，君父尤重，准过七七，不随朝，你部里即往谕着，不必具辞。”
第二天，万历又赏赐张居正置办丧事的银两等。
此时此刻，张居正何尝不是百感交陈？他生在那个推崇“忠孝”的时代，自幼饱读儒家经典，当然追求做一个忠臣孝子。父亲驾鹤西去，他号啕大哭。父丧期间，皇帝御赐的任何点心，如先不供给先父灵位，绝不食用。
同是天涯沦落人，恰恰张居正同年进士，前内阁首辅李春芳的父亲也在当年与世长辞，与之同命相连的张相爷很羡慕李大哥能为家父养老送终，痛责自己生不得侍养父亲，死不能守在父亲身边，抱恨终天，死不能赎。
执政兼帝师的双重身份更要求张居正为万民作出表率，儘早辞职守孝。丧父之痛尚未抹平，心中又有难以割舍的改革大业，如今，考成法已顺利执行，人事布局也初见成效，岭南贼、沿海倭亦相继平定，正逢推进改革的攻坚阶段，断无离职二十七个月之理，何况张居正本是不拘常格之人，他骨子里希望夺情。
张居正按惯例上疏乞恩守制，字里行间却暗示皇帝不必拘于常理：“如皇上之于臣，恳切诚笃至极，此所谓非常之恩也。臣于此时，举其草芥贱躯，摩顶放踵，粉为微尘，犹不足报答皇帝厚恩于万一，又何暇顾旁人之非议，循匹夫之小节，而拘束于常理之内？”
张居正的“暗示”和皇帝的心愿不谋而合，较之首辅本人，万历皇帝和两宫太后更不愿他离职守制。张居正名为首辅，实为摄政，朝廷岂可一日无他？即使他真心实意要求守制，万历皇帝及两宫太后一时根本找不出更合适的人选来接受重担。所以他们也一定不会答应守制要求。
而明末《定陵注略》等野史笔记记载的就戏剧得多，张居正奴颜媚骨跪在地下，连连磕头哀求大太监冯保帮他夺情。
这样绘声绘色的描写仿佛作者身临其境一样，细细推敲，不仅所列时间有误，而且逻辑混乱，不足为信。
万历初年的政坛铁三角都极力支持首辅夺情，不幸舆论却不站在他们一边。
为了缓解舆论压力，接下来上演的就是冯保一而再、再而三地要求皇帝降旨挽留张首辅，而张居正也一而再、再而三地上疏求归的暧昧剧情。
当张居正在私寓接到皇上派司礼监太监李佑送来的御札后，立即表示哀痛之情：“本月二十五日，得臣原籍家书，知臣父张文明以九月十五日病故。臣听说讣音，五内崩裂……哀毁昏迷，惟有哭泣而已。”
张居正又对皇上派司礼监随堂太监魏朝将太后与皇上赏赐的香烛布匹等物恭捧到私第，上疏表示感谢：“臣一家父子，殁者衔环结草，存者碎首捐躯，犹不足以仰报圣恩于万一也。臣幸而未死，报国之日长，且国家非有金革之意，而令臣夺情起復，此非盛世所当有。”