儘管万历把一切朝政都委託给最信赖的张首辅全权处理，可张居正自负地以天下舍我其谁的口气对成年皇帝讲话，难免令人反感，所幸万历仍一如既往地支持他，批覆道：“奸邪小人不得遂其徇私自便之计，假公伺隙，肆为谗谮者，累累有之。览奏，忠义奋激，朕心深切感动。今后如再有讹言诪张，扰乱国是者，朕必遵祖宗法度，置之重典不宥。卿其勿替初心，始终辅朕，俾臻于盛治，用副虚己倚毗至杯。”
此后，虽不再有王用汲那样猛烈的攻击，但张居正已逐渐感到外界议论带来的沉重压力，这位一向不屈不挠的铁腕人物，心中不时忧虑重重。
如果知难而退，明哲保身，这就不是张居正。个人命运未卜并不能阻碍他改革的步伐，张居正执政的最后几年，在舆论相对沉默的形势下，大刀阔斧，把改革推向更深更广的层面，为他的君上和国家贡献良多。
伴君如伴虎
随着万历皇帝步入成年，传统的耕籍礼提上了议事日程。所谓的耕籍礼，就是皇帝亲自耕田，作为一种象征行为，以此劝民重农务农，发展农业经济。
根据祖制，万历皇帝本应于万历七年（公元1579年）二月二十五日举行耕籍礼。然而不巧的是，十七岁的皇帝在同年正月出疹，视朝、讲读都暂免，在宫中服药静摄。鑑于这种特殊情况，张居正认为出疹之后最忌风寒，希望皇帝善加珍摄，耕籍之礼改到明年举行。
皇帝出疹，引起皇太后的极度不安。笃信佛事的慈圣李太后为此向菩萨许愿：待皇帝身体康復后，会设法超度僧众。张居正从来不信这些，他回忆起嘉靖时数万僧人聚在皇宫败坏风俗的往事，担心僧人包藏祸心，搅出事端，不愿在宫中大搞佛事法会。
既然元辅如此劝告，太后也只得作罢。
万历身体康復后，又一次在平台召见元辅张先生。
张居正入见，叩头：“恭贺皇上身体康復。”
万历说：“朕近日没有上朝，国事多劳先生费心了。”
张居正说：“臣很久未曾见到皇上，非常挂念。今天承蒙召见，十分欣喜。皇上虽然康復，但仍需保重。至于国家事务，臣一定会尽心尽力，皇上您不必费心。”
万历说：“先生忠爱，朕知道了。”随即命近侍太监赏赐一些银两、绸缎之类，接着又说：“先生可以上前些，看看朕的脸色。”
张居正走到御座前，突然跪下，他平静扬起头，一张饱经风霜的脸上布满辛酸热泪。万历亲切地握着他的手，让他细看自己的脸色，告诉张先生：“朕一日进膳四次，每次两碗，不过不沾荤腥。”
张居正以长者的身份深情地叮嘱道：“生病之后能够多吃一些，确实是好事。不过皇上您大病初癒，还是要注意节制，不要伤到肠胃。不只是饮食上要注意，疹后最忌讳受寒和房事，希望您特别注意。”
万历说：“现在太后注意朕的起居，一步都不曾离开，三宫也没有宣召。先生忠爱，朕心里知道。”
皇上把他的日常生活一五一十地向张先生报告，随即又关照张先生说，他计划十二日恢復经筵，而日讲则拖到五月上旬再开始。
张居正叩头退出。
万历八年（公元1580年）的春天，皇帝在三公九卿的陪同下，如期举行耕籍礼与谒陵礼，重量级人物纷纷现身，场面极其隆重：大学士张居正与定国公徐文璧、彰武伯杨炳充当三公，大学士张四维、兵部尚书方逢时、吏部尚书王国光、户部尚书汪宗伊、礼部尚书潘晟、戎政兵部尚书杨兆、刑部尚书严清、都御史陈炌、吴兑充当九卿，举行五推、九推礼。
一切都在向世人宣誓：十岁即位的万历皇帝现已步入成年！从今天开始，一个崭新的成年皇帝立于世界的东方，立于文武百官面前。
万历独掌干坤的条件成熟，标誌着张居正作为顾命大臣，辅佐幼帝的任务似乎可以告一段落。
无论这对君臣如何亲密，究竟不是亲生父子的关係。伴君如伴虎这句古训时刻提醒着张相爷。
万历十岁时，只知道面前这位长须玉立的大臣是自己的监护人和老师，觉得老师可敬，有时不免有点畏惧，大多数时候，还是觉得他可爱。
天热了，张老师讲书时，汗流满面，小万历吩咐太监替他掌扇；天冷了，老师站在文华殿的方砖上，寒气森肃，小万历便吩咐太监拿毡片把方砖盖上，免得老师受寒。
有一次，张阁老上朝，忽发寒热，万历看到老师面黄体弱，当即罢朝赶到宫里，亲自调好一碗椒汤，送给老师喝下。贵为天子，这么殷勤体贴老师，一时传为佳话，令人艷慕不已。
然而，现在他已经长大成人，娶了妻子，封了皇后，不久的将来便要成为父亲。他久已是皇帝，现在更开始发现自己才是大明帝国真正的主人，应该用自己的意志主宰一切。
这种意志，慢慢导致与张先生的衝突，他不再像从前那么言听计从。他开始渐渐地敷衍首辅，甚至有时放纵自己与首辅对抗，来表示皇帝的尊贵。
万历越发厌倦紫禁城里单调枯燥的日子，在一群太监的引诱下，他身穿紧袖衣衫，腰悬宝刀，带着酒性在西苑中横衝直撞。
夜宴上，他意外艷遇了两位貌美如花的宫女，兴高采烈地调戏美女为大伙唱歌，腼腆的宫女不愿当众出丑而拒绝邀请，惹得皇帝龙颜大怒。万历不顾随从侍卫的劝谏，截去两名宫女的长髮，以示斩首，整个事情的经过有如一场闹剧。