后来，吕布向董卓赔了礼，董卓也表示宽恕他。但是，吕布心里很不痛快。他把这件事告诉了王允。王允听了挺高兴，就把自己想杀董卓的打算也告诉了吕布，并且说：“董卓是国贼，我们想为民除害，您能不能帮助我们，做个内应？”吕布听到真要杀董卓，倒有点犹豫起来，说：“我是他的干儿子，儿子怎么能杀父亲呢？”王允摇摇头说：“唉，将军真糊涂，您姓吕，他姓董，本来不是骨肉至亲，再说，他向您掷戟的时候，还有一点父子的感情吗？”吕布听了，觉得王允说得有道理，就答应跟王允一起干。
公元192年，汉献帝生了一场病刚刚痊癒，在未央宫会见大臣。董卓从郿坞到长安去。为了提防人家暗算，他在朝服里面穿上铁甲。在乘车进宫的大路两旁，派卫兵密密麻麻排成一条夹道。他还叫吕布带着长矛在他身后保卫着。经过这样安排，他认为万无一失了。
他哪儿知道王允和吕布早已商量好了。吕布约了几个心腹勇士扮作卫士混在队伍里，专门在宫门口守着。董卓的座车一进宫门，就有人拿起戟向董卓的胸口刺去。但是戟扎在董卓胸前铁甲上，刺不进去。
董卓用胳膊一挡，被戟刺伤了手臂。他忍着痛跳下车，叫着说：“吕布在哪儿？”吕布从车后站出来，高声宣布说：“奉皇上诏书，讨伐贼臣董卓！”
董卓见他的干儿子背叛了他，就骂着说：“狗奴才，你敢……”他的话还没说完，吕布已经举起长矛，一下子戳穿了董卓的喉头。兵士们拥了上去，把董卓的头砍了下来。吕布从怀里拿出诏书向大家宣布：“皇上有令，只杀董卓，别的人一概不追究。”董卓的将士们听了，都高兴地呼喊万岁。
长安的百姓受尽了董卓的残酷压迫，听到除了奸贼，成群结队跑到大街上唱着，跳着。
许多人还把自己家里的衣服首饰变卖了，换了酒肉带回家大吃一顿，庆祝一番。
恶贯满盈的董卓被消灭了，但是百姓的灾难并没有完。过了不久，董卓的部将李榷（音jué）、郭汜打进长安，杀死王允，赶跑了吕布，长安百姓又一次遭到烧杀抢掠。
89迁都许城
董卓之乱以后，东汉王朝名存实亡，对各地州郡失去了控制。各地官僚、豪强趁机会争夺地盘，形成了大大小小的割据势力。势力比较大的有冀州的袁绍、南阳的袁术、荆州（约当今湖北、湖南两省和河南、贵州、广东、广西的一部）的刘表、徐州（约当今江苏长江以北和山东东南部）的陶谦、吕布等，他们相互混战，打得昏天黑地。成千上万的百姓在混战中遭到屠杀，许多地方出现了没有人烟的荒凉景象。
曹操本来势力很小。后来，他打败了攻进兖州（今山东省西南部和河南省东部，兖音yǎn）的黄巾军，在兖州建立了一个据点。他还从黄巾军的降兵中，挑选一部分精锐力量，扩大了武装。以后，他又打败了陶谦和吕布，成为一个强大的割据力量。
公元195年，长安的李傕和郭汜发生火併，外戚董承和一批大臣带
着献帝逃出长安，回到洛阳。洛阳的宫殿，早已被董卓烧光了，到处是碎砖破瓦，荆棘野草。汉献帝到了洛阳，没有宫殿，住在一个官员的破旧住房里。
一些文武官员，没有地方住，只好在断墙残壁旁边搭个草棚，遮避风雨。最大的难处是粮食没有来源。汉献帝派人到处奔走，要各地官员给朝廷输送粮食。但是大家正在忙着抢地盘，根本不把皇帝放在眼里，谁也不肯送粮来。
朝廷大臣没有办法，尚书郎以下的官员，都只好自己去挖野菜。这些平时养尊处优的官员，哪儿受得了这个苦，有的吃了几顿野菜，就倒在破墙边上饿死了。
这时候，曹操正驻兵在许城（今河南许昌），听到这个消息，就召集部下的谋士商量，要不要把汉献帝迎过来。
谋士荀彧（音yù）说：“从前晋文公发兵把周襄王送回洛邑（今洛阳），成为霸主；汉高祖为义帝发丧，天下人都向着他。这样的例子历史上是不少的。现在皇上到了洛阳，困苦不堪。将军如果能把皇上迎来，这正是顺从人们的愿望。要是现在不及时去接，一旦让别人抢先迎去。我们就错过机会了。”
曹操听了，觉得很有道理，立刻派出曹洪带领一支人马到洛阳去迎接汉献帝。
董承等大臣害怕曹操，发兵阻拦曹洪的人马。后来，曹操亲自到了洛阳，向他们说明现在洛阳缺少粮食。许城有粮食，但是运输不便，只好请皇上和大臣们暂时搬到那边去。免得在这里受冻挨饿。
汉献帝和大臣听说到了许城有粮食，都巴不得早点迁都。公元196年，曹操把汉献帝迎到了许城，打那时候起，许城成了东汉临时的都城，因此称为许都。
曹操在许都给汉献帝建立了宫殿，让献帝正式上朝。曹操自封为大将军，开始用汉献帝的名义向各地州郡豪强发号施令。
首先他用献帝名义下诏书给袁绍，责备他地广兵多，只管扩大自己势力，攻打别的州郡，不来帮助朝廷。
儘管袁绍势力大，但是名义上他还是汉献帝的臣子，接到诏书以后，没法子，只好上个奏章给自己辩护。
曹操又用汉献帝名义封袁绍为太尉。这一下，袁绍可生气了。他觉得曹操当大将军，自己反在曹操底下，太丢人啦。就气冲冲地说：“曹操要不是我，哪有今天。现在他倒用皇上的名义来号令我起来了。”他上个奏章把太尉辞了