史可法把全城官员召集起来，勉励他们同心协力，抵抗清兵，并且分派了守城的任务。
他分析一下形势，认为西门是最重要的防线，就亲自带兵防守西门。
将士们见史可法坚定沉着，都很感动，表示一定要和督师一起，誓死抵抗。
多铎命令清兵没日没夜地轮番攻城。扬州军民奋勇作战，把清兵的进攻一次次打回去。
清兵死了一批，又来了一批，形势越来越危急了。
多铎下了狠心，开始用大炮攻城。他探听到西门防守最严，又是史可法亲自防守，就下令炮手专向西北角轰击。炮弹一颗颗在西门口落下来，城墙渐渐塌下，终于被轰开了缺口。
史可法正在指挥军民堵缺口，大批清军已经蜂拥着衝进城来。史可法眼看城已经没法再守，拔出佩刀往自己脖子上抹。随从的将领们抢上前去抱住史可法，把他手里的刀夺了下来。史可法还不愿走，部将们连拉带劝地把他保护出小东门。这时候，有一批清兵过来，看见史可法穿的明朝官员的装束，就吆喝着问他是谁。
史可法怕伤害别人，就高声说：“我就是史督师，你们快杀我吧！”公
元1645年四月，扬州城陷落，史可法被害。
多铎因为攻城的清军遭到很大伤亡，心里恼恨，竟灭绝人性地下令屠杀扬州百姓。大屠杀延续了十天才结束。历史上把这件惨案称作“扬州十日”。
大屠杀之后，史可法的养子史德威进城寻找史可法的遗体。因为尸体太多，天热又都腐烂了，怎么也认不出来，只好把史可法生前穿过的袍子和用过的笏板，埋葬在扬州城外的梅花岭上。这就是到现在还保存的史可法“衣冠墓”。
扬州失守后几天，清军攻破南京。南明政权的官员投降的投降，逃跑的逃跑，弘光政权被消灭了。
清兵继续南下，还颁布一道剃髮令，强迫百姓在十天之内，改依清人的习惯，一律剃掉前半部头髮，留下一条辫子，违抗命令的处死，实行“留头不留髮，留髮不留头”。这一来，更加激起了江南百姓的反抗情绪。江阴军民在典史（县衙里一种小官）阎应元的率领下，顶住二十多万清兵的重重包围，坚守了八十多天。城里男女老少，没有一个投降。清军死伤惨重。嘉定军民坚持抗清斗争三个月，被清军屠城三次，牺牲两万多人。历史上把这次惨案称作“嘉定三屠”。
251夏完淳怒斥洪承畴
弘光政权瓦解以后，东南沿海一带的抗清力量继续战斗。1645年六月，明朝官员黄道周、郑子龙在福州另立明朝宗室、唐王朱聿键（聿音yù）即位，历史上称为隆武帝。另一部分官员张国维、张煌言在绍兴拥戴鲁王朱以海监国。这样，就同时出现了两个南明政权。
为了对付抗清力量，清朝廷派了在松山战役中投降清朝的洪承畴总督军事，招抚江南。
这时候，在松江（在今上海市）有一批读书人也在酝酿抗清，领头的是夏允彝（音yí
）和陈子龙。夏允彝有个年才十五岁的儿子叫夏完淳（音chún），又是陈子龙的学生。夏完淳自小就读了不少书籍，能诗善文，在他的父亲、老师影响下，也参加了抗清斗争。
靠几个读书人要组织义军是不行的。夏允彝有个学生吴志葵，是吴淞总兵，手下还有一些兵力。他们说服吴志葵一起抗清。吴志葵答应了，派出一支人马担任先锋队攻打苏州。一开始打得挺顺利，先锋队攻进了苏州城，但是吴志葵临阵犹豫，没有及时增援，结果进诚的义军被围牺牲，吴志葵的主力在城外也被击败。
不久，清军围攻松江，夏允彝父子和陈子龙衝出清兵包围，到乡下隐蔽起来。清兵到处搜捕，还想引诱夏允彝出来自首。夏允彝不愿落在清兵手里，投到河塘里自杀。他留下遗嘱，要夏完淳继承他的抗清遗志。
父亲的牺牲引起夏完淳万分悲痛，也激起他对清朝的仇恨。他和陈子龙秘密回到松江，准备再组织起义军。这时候，他们打听到太湖长白盪有一支由吴易领导的抗清义军，正在重整旗鼓。夏完淳把家产全变卖了，捐献给义军做军饷，在吴易手下当了参谋。他还写了一道奏章，派人到绍兴送给鲁
王，请鲁王坚持抗清。鲁王听说上书的是个少年，十分讚赏，封给夏完淳一个中书舍人的官衔。
吴易的水军在太湖边出没，把清军打得晕头转向。但是后来由于叛徒的出卖，义军失败，吴易也牺牲了。
过了一年，陈子龙又秘密策动清朝的松江提督吴胜兆反清，这次兵变不幸又失败了，吴胜兆被杀害，陈子龙也被清军逮捕。陈子龙不愿受辱，在被押解到南京的船上，挣脱绳索，跳河自杀。
夏完淳正在为失去他的老师而悲痛，因为叛徒告密，他自己也被捕了。
清军派重兵把他押到南京。
夏完淳在监狱里被关押了八十天。他给他亲友写了许多可歌可泣的诗篇和书信。死亡的威胁并没有使他恐惧，他感到伤心的就是没有实现他保卫民族、恢復中原的壮志。
对夏完淳的审讯开始了，主持审讯的正是招抚江南的洪承畴。洪承畴知道夏完淳是江南出名的“神童”，想用软化的手段使夏完淳屈服。他问夏完淳说：“听说你给鲁王写过奏章，有这事吗？”夏完淳昂着头回答：“正是我的手笔。”洪承畴装出一副温和的神气说：“我看你小小年纪，未必会起兵造反，想必是受人指使。只要你肯回头归顺大清，我给你官做。”夏完淳假装不