成吉思汗目前已经统治了整个蒙古地区的蒙古族与突厥族。他原来的臣民大多信仰萨满教、佛教与景教，新吞併的哈喇契丹的喀什噶尔，宗教仍然是穆斯林，但文化属于纯粹的突厥文化，并且受到了伊朗文化的影响。而摩诃末统治下的花剌子模帝国则完全不同，虽然也属于突厥族，但它却是一个以伊斯兰为宗教信仰的彻底伊朗化了的国家。在它的居民中，生活在阿姆河地区的是突厥－伊朗人，而生活在呼罗珊、阿富汗与伊拉克－阿只迷领地内的则是纯粹的伊朗人。成吉思汗同摩诃末的性格完全不同，成吉思汗性格稳重，做事谨慎但却坚定，具有政治家的谋略和气质；花剌子模国的摩诃末虽然也算得上是个勇士，但却生性轻浮，没有恆心和耐力，更无组织纪律性，在打败了贺儿王朝和哈喇契丹人后，他会忘乎所以、狂妄自大，而遇到一个小小的挫败后，他又会垂头丧气，无所作为，顷刻间就从一个英雄变成了一个懦夫。因此就这两个人来说，曾经游牧的蛮族人成吉思汗是个政治家，而摩诃末这个已经伊朗化了的突厥人，则充其量不过是个骑士，而且有时表现得像个草寇。
此外，正如前文所述，成吉思汗将于1220年灭掉的这个帝国建立的时间不会早过1194年，实际上，只是在公元1212年，撒马尔罕的最后一个哈喇罕国王斡思蛮被处死后，摩诃末才将花剌子模国的首都正式从玉龙灰赤迁到了撒马尔罕。因此，摩诃末统治下的花剌子模帝国是一个正在创建中的帝国，是一个临时君主建立的新政权，统治基础十分不稳固，更没有像成吉思汗制订的扎撒黑那样的法律基础。总之，它没有任何东西可以与恢復了古代可汗帝国的成吉思汗相提并论。花剌子模帝国的人种也是很复杂的，既有来自城市与农村的伊朗族塔吉克人，也有来自军队的突厥人，并不是一个统一的民族，因此基础也不会稳固。不像从前塞尔柱人，建立在一个信仰伊斯兰教的突厥氏族的基础之上，因此能够遵守阿答别的封建军事制度。花剌子模王国是从塞尔柱族高级官吏的一个门宦中分离出来的，后来并没有一个强大的氏族作后盾。花剌子模国本土疆域有限，因此无法建立像土库曼那样的完整而坚固的封建制国家。摩诃末的士兵全部是从吉尔吉斯草原上的古斯或康里部落中招募来的僱佣兵，这些士兵根本没有效忠摩诃末之心，其中的大部分人总在想着背叛花剌子模帝国，成为成吉思汗大家庭的一员。而且，这个苏丹家庭中也充满了仇恨，他的母亲秃儿罕可敦一向面目可憎，她不但不喜欢摩诃末的儿子札阑丁，而且常常虐待这个王室的惟一继承人。花剌子模王室即将倾覆，苏丹摩诃末的家庭也面临着分裂。
要想解决这些不协调和不一致，只能依靠宗教的力量，用伊斯兰教教义的约束给他们以统一性和凝聚力。花剌子模国的摩诃末是塞尔柱族酋长的继承人，他总是以桑扎尔自比，因此他肩负着相当重要的责任，只要他宣布自己是伊斯兰教的代表，就可以号召信徒发起“圣战”，以反对那些佛教或景教的蒙古人，也就是异教徒们。他希望恢復大塞尔柱人的事业，像他们一样成为伊斯兰的苏丹。但是，他实在愚蠢至极，他同巴格达的哈里发教廷之间产生了强烈的摩擦，以至于在公元1217年时出兵攻打哈里发教廷。为此，哈里发纳昔儿（公元1180年～1225年在位）把摩诃末当作自己最凶恶的敌人，他宁愿向蒙古人投降也不愿意同花剌子模和解。苏丹与哈里发之间的这种不共戴天的仇恨，使得穆斯林世界面对蒙古人的侵略时，显得十分软弱无力、不堪一击。
成吉思汗同花剌子模人的决裂，是下面的原因造成的。成吉思汗原本是希望同花剌子模帝国建立一种正常的商业与政治关係。公元1218年，蒙古帝国派来了一个商队，商队成员中除了蒙古使者兀忽纳外都是穆斯林教徒。当商队走到花剌子模帝国在锡尔河中游的边垂兀提剌耳时，被花剌子模总督示难赤（即“以哈儿罕”）拘留，他们将商队的财物洗劫一空，还杀死了商队的一百多个成员。成吉思汗向花剌子模帝国提出了赔偿的要求，但未能得到满足。在这种情况下，成吉思汗准备用武力解决问题。公元1219年夏天，成吉思汗早早将蒙古军集中在额尔齐斯河上游一带。到了秋季，成吉思汗来到巴尔哈什湖东南的海押立。当地的葛逻禄部国王阿思兰汗已经归顺了成吉思汗，阿历麻里的新国王速纳特勤和回纥国王亦都护巴儿术也率领自己的人马加入了成吉思汗的阵营。据估计，当时蒙古军队的人数约为15万至20万，在数字上显然无法同花剌子模军队相比，但蒙古军队纪律更为严明，同军师的配合也更为协调一致。花剌子模帝国儘管在兵力上占优势，但苏丹摩诃末把他的军队分配在了锡尔河防线与阿姆河地区各堡垒，这样就使得他们在每一个据点上的人数并不多。成吉思汗取道锡尔河中游兀提剌尔附近进入花剌子模帝国，之后，蒙古大军便兵分几路进攻。由成吉思汗的两个儿子察合台与窝阔台率领的蒙古军队也进入了这一地区，并经过长期的围困将其占领。由成吉思汗的长子朮赤率领的另一支军队则沿锡尔河向南，攻占了昔格纳黑（在今突厥斯坦的对面）与忽毡（在今锡尔河左岸塔斯－布格特附近）。另有五千蒙古精兵则