一上台，贵由便开始施行新政，他认为懦弱的窝阔台统治时代和他的母亲摄政时期，政权都太开放了，他决定从严治国，就像他的祖父成吉思汗统治的时代那样，他尤为重视大汗和各王子之间的相互关係。贵由第一个调查的是他的祖叔父帖木格·翰赤斤，在皇后摄政期间帖木格·翰赤斤就企图攻击摄政皇后，十分令人怀疑，还处罚了他的亲信们。然后是伊犁的汗王察合台，察合台临死时把他的遗产交给孙子哈剌旭烈兀，哈剌旭烈兀是木秃干的儿子，木秃干早在公元1221年在围困包米安城时被人杀了。贵由开始插手察合台家族的内部事务，他废掉了哈剌旭烈兀，另立他的好朋友、察合台的小儿子也速蒙哥为王。他把自己的亲信宴只吉带派到了波斯，让他以高级长官的名义同驻摩罕地区的蒙古军司令拜住将军共事，而实际上宴只吉带很快便凌驾于将军之上。远东的奥都·剌合蛮原来一直担任着管理中国各省财政长官的职务，贵由以贪污的名义杀了他，另用自己的心腹马合谋·牙剌瓦赤。克烈部景教徒镇海被贵由重新起用，任命为丞相。贵由把臣属国的乔治亚，分给了两个王位竞争者达卫·拉沙和鲁速丹皇后的儿子达卫·纳林，前者获得哈儿特里，后者则获得了亦米恭忒。在小亚细亚的塞尔柱苏丹国（科尼亚），贵由把王位封给了乞立只·阿思兰四世，而不是凯哈武思二世。
看到成吉思汗家族的其他各支系都已开始利用各种机会扩大自治权，贵由便开始有意地限制他们，不料却遭到了朮赤系的领袖拔都的公开反对。公元1248年初，二人关係急剧恶化，双方都做好了兵戎相见的准备。贵由藉口他在敏河流域的世袭领地遭受到威胁，从和林起兵，悄然向西进军。而拔都则接到了唆鲁忽帖尼公主的秘密情报，派兵从斜米列契耶（七河）地区到达了阿历麻里，一场衝突在所难免。想不到就在此时，贵由却由于过度沉溺于酒色而突然去世，享年43岁。贵由的野心很大，他不但要征服钦察汗，而且要去征服整个基督教世界，因此从某种意义上来说，他的突然死亡的确使欧洲避免了一场灾难。他死后，拖雷家族的继承者即位，先是蒙哥，后是忽必烈，他们立刻将蒙古征服者的目标从西方转移到了东方。
成吉思汗的继承人
最初三个继承人(5)
斡兀立·海迷失的摄政
贵由死后，他的妻子、蔑里乞部人斡兀立·海迷失正式担负起了摄国听政的任务。公元1250年，法国国王圣·路易向蒙古国派来三位使臣，他们都是多米尼各修会的传教士，分别是德·隆居摩、安德烈贵依、约翰·德·喀儿喀松。他们经过波士和塔拉斯河后，终于到达了蒙古，并在塔尔巴哈台、额敏河与霍博河窝阔台王室的封地，接受了斡兀立·海迷失的正式接见。斡兀立·海迷失以为法兰西国王派使者前来不过是为了向她进贡，便直言不讳地要求他们向蒙古帝国投降。
斡兀立·海迷失曾经想把帝位让给窝阔台家族的某个王子，或者是贵由的侄子失烈门，或者是她和贵由生的儿子忽察，但忽察当时年龄太小。但是，在成吉思汗家族中起到长老作用的拔都，要将窝阔台的族人全部排除在王室之外，而且拔都早就和拖雷的遗孀唆鲁忽帖尼联合在了一起。唆鲁忽帖尼是克烈部的公主、王罕脱斡鲁勒的侄女，她十分聪慧能干，信奉景教。正是因为有了她，才使得拖雷家族在面对贵由的严格调查时，始终光明磊落，无可非议。当她认为时机已经成熟的时候，便要求拔都选举她和拖雷所生的长子蒙哥王子为蒙古帝国的大汗。公元1250年，拔都在伊塞克湖以北的阿剌黑麻黑召开忽邻勒塔大会，窝阔台王室和察合台王室的代表们没有出席大会，会上只有朮赤王室和拖雷王室的代表，于是拖雷正式当选。事后，当窝阔台王室和察合台王室的代表们知道蒙哥被选中后，他们拒绝接受这个结果，理由是大会的地点离成吉思汗家族圣地太远，且到会人数太少，无法代表全体人的意见。于是，拔都召集了第二次忽邻勒塔大会，地点定在鄂嫩河或克鲁伦河畔的圣地，并向窝阔台王室和察合台王室的代表们正式发出邀请。邀请自然又一次遭到了拒绝。
拔都不管他们反对与否，仍然如期举行了忽邻勒塔大会。会上，窝阔台王室的代表们发出抗议，认为应当由他们继承王位，察合台王室的首领也速蒙哥的代表们也积极支持窝阔台的抗议，但终究拔都还是宣布蒙哥为大汗。自此，蒙古帝国的控制权从窝阔台王室转入了拖雷王室的手中。
这次政变之所以能够轻而易举地获得成功，是因为新国王蒙哥的确精明强干，在他面前，那些合法的继承人、窝阔台王室的年轻王子则显得越发的软弱无能，再加上拔都的特殊身份，他以成吉思汗家族中长老自居，确立了自己独裁者的形象。窝阔台王室的合法继承权就这样被拖雷王室非法地取代了，他们大多数人只能默默地忍受，却不敢反抗。只有失烈门，在忽邻勒塔大会结束后，他表面上去朝拜新的大汗，实际上却想用手中的兵力逮捕并推翻新汗。结果他的阴谋被揭穿，蒙哥解除了他的卫队的武装，处死了他的顾问合答和镇海，然后将他拘禁起来。
蒙哥毫不手软地处分了他的堂兄弟们。他十分痛恨前摄政皇后斡兀立·海迷失，说她是和母狗一样的坏女人，他在审讯