始安王萧遥光得知江佑兄弟被杀后，心中惊惧。萧宝卷又下诏召他返回建康议事，更加让他相信小皇帝要杀自己，于是他以讨伐刘喧为名，起兵造反。萧遥光是齐明帝亲侄子。明帝在世时，凡是诛杀齐高帝、齐武帝子孙诸王，都是在萧遥光的参谋建议下行使的，做了不少缺大德的坏事。他率兵连夜攻占建康东城，由于出其不意，开始很顺利，但由于本性怯懦，他并没有乘胜攻入禁宫，丧失了大好机会。天一放亮，台军（首都禁卫军）大集，本来兵锋占优的萧遥光一日之内兵溃退走，最后跑到床下躺避，被兵士搜出砍头。从起事到被杀，不过四日。说来也怪，这位萧遥光少年时很正派，齐明帝当时让还是个孩童的萧宝卷常常和萧遥光吃住在一起，感情很深，萧宝卷常呢称萧遥光为“安兄”。萧遥光被杀后，萧宝卷登上旧时和萧遥光一起玩耍的旧宫土山，遥望萧遥光被杀的东府，怆然呼唤“安兄”不已，黯然泪下，估计孩提时代两人的厚笃感情在他心中印象十分深刻。萧宝卷此种正常人的举止，史书上仅此一件。（《南史·卷三十一·齐宗室》）。
平灭萧遥光后，萧宝卷觉得宰杀大臣太容易了。在近侍茹法珍等人怂勇下，他不到一个月就杀掉本来参与镇压萧遥光叛乱的功臣刘喧、萧坦之和曹虎等大臣。杀刘喧时，萧宝卷还有些犹豫：“刘喧是我亲舅，怎么会谋反呢？”一个侍卫说：“明帝乃武帝同堂（指萧宝卷之父齐明帝与齐武帝是堂兄弟），恩遇如此，犹灭武帝之后，舅舅又怎么可信呢？”于是族灭刘喧。六位大臣中，徐孝嗣、沈文季是文人出身不握兵，所以活得稍稍长久一些。有人也劝徐孝嗣废昏立明，他总觉得大动干戈不妥，应该趁小皇帝出城游玩时关闭城门，再召集大臣共议废掉。“书生造反，三年不成”，迟迟也未见他有什么行动。大臣沈文季藉口自己老病请假在家，不预朝政，想藉此落个善终。他的侄子侍中沈昭略对他说：“叔父您六十岁的年纪，官至仆she，想要免祸不可能啊。”沈文季笑而不答，很有死猪不怕开水烫的风范。499年冬十月，萧宝卷诏令徐孝嗣、沈文季、沈昭略三人入宫议事，一进宫门，茹法珍就把毒酒端上来。沈昭略大怒，骂徐孝嗣：“废昏立明，古今令典；宰相无才，致有今日！”说着话他用盛着毒酒的碗砸向徐孝嗣：“让你死也做个破面鬼！”三人全家被杀。可能徐孝嗣平时应酬多，酒量好，那么毒的毒酒别人一碗就死，他饮了近一斗才被药死。
此时，六位顾命大臣中只剩下太尉陈显达一个人了。陈显达，彭城人，寒人出身，在南朝刘宋时以军功被封为丰城侯。齐高帝即位，拜护军将军，益州刺史。齐武帝即位，进位镇西将军，在益州诛灭山夷和大度村獠人的反叛。齐明帝即位后，进封太尉。史载，陈显达谦厚有智计，自以为寒人出身而位居大官，每次升迁都有愧惧之色。他常常嘱诫自己十几个儿子：“我本意不及此，汝等勿以富贵凌人！”知道诸子藏有当时的“天下快牛四隻（南朝人常以牛拉车比赛炫耀，如同今人赛马。当时的名贵牛隻非常昂贵），陈显达非常不高兴子弟如此暴露富贵。其子陈休尚外出当官与之拜别，陈显达见儿子手里装模作样拿着根麈尾（魏晋风度的象征物之一，类似拂尘），上前夺下当面烧掉，说：“凡奢侈者鲜有不败，麈尾蝇拂是王、谢家物，汝不须捉此自遂。”齐明帝猜忍好杀，陈显达更是心怀不安，平时所用车乘朽败，随从皆选用瘦小单薄之人。一次在宫廷侍宴，酒后他向齐明帝乞借枕头一用。由于是三朝老臣，齐明帝马上命人给老将军取来一枕。陈显达抚枕言道：“臣年以老，富贵已足，唯少枕枕死，特就陛下乞之。”一句话，说得嗜杀成性的齐明帝也心有不忍，忙说“公醉矣”。萧宝卷即位后，陈显达在外督军进攻北魏，杀伤无数，惊得魏孝文帝亲自率十余万大军增援，虽然最后陈显达被击退，但累得大名鼎鼎的孝文帝回去后不久就病死。就是这么一个历侍齐国三主、功高盖世的老将军，听闻徐孝嗣等人死讯后也感祸之将至。499年11月，他于寻阳起兵数千人，想掩袭建业，在采石与朝廷军相遇交战，大胜，都下震恐。由于身经百战，陈显达太过轻敌，即刻北上袭城，一时间禁宫四门紧闭。陈显达只带数百步兵，在西州前与台军大战，七十多岁的老人挥矛如飞，矛杆杀断后拿着矛尖还杀掉十多人。不久增援的官军大集，陈显达不支败走，被杀于乌傍村，时年七十三。诸子皆伏诛，满门抄斩。
诛杀陈显达后，萧宝卷更加骄恣放荡，觉得自己帝位稳固。一月之中，他出外游玩的时间竟有二十几日之多。每次出行，都不想百姓见到他的真面目，只要仪仗鼓声一响，百姓立刻奔走逃避，一被发现就当即杀头。一次游走至沈公城，有一个妇人正临产没来得及跑掉，他就和左右剖开妇人肚子打赌婴儿是男是女；又有一次到定林寺，一个老和尚生病未及走避，躺在糙丛中想躲过一劫，他下令左右侍卫发箭，把老和尚she得刺猬一样遍体是箭。萧宝卷出游时头戴金薄帽，着锦绣衣裤，手执七宝槊，随从数百，呼啸飞奔，不避雨雪。驰骋间感觉口喝，就下马解取腰边水舀，从水洼里舀出些脏水喝下，解渴后又上马驰去，过后也从未得痢疾什么的，有副真正的好身体。他又爱玩