八月，劳崇光奏称：遵旨雇红单战船四十号，派游击黄联开等管带，风毁四号，配以炮火器械、官弁三十六员，柁工、炮手、水勇一千六百五十六名，于七月二十五日起碇赴都兴阿军营。于是，清廷又发上谕：既经驶入长江，无再令折回之理，命黄彬严加约束，如不得力，酌情撤回。[7]（卷三一九）李鸿章覆信给乔松年道：“水师弁勇贩卖米、药济贼，中外共闻，该管镇将如肯实力谕禁，即不能御贼，或不至勾贼也。新调红单船四十号，昨准都帅咨復，业准停调……似都公尚有意整顿，未尽为人蒙蔽。李新明、沈振廷声名极坏……吾丈能否为都帅密陈汰遣以除民害而儆其余，如沪将冯日坤通贼扰民……密旨饬……传旨……业已遵照惩办。……吴碧珊移防通海下游，亦较得力。”[10]（卷一）李鸿章在给曾国藩的信中又写道：“黄彬实非善类，都公始为护庇，近缘廷旨饬查，似稍觉察，然未能去之。乔都转续函谓若将下游水师总统奏归杨军门，则水营必易整饬。”[10]（卷一）都兴阿奏称：各帮大小炮船仅二百八十六隻，上自浦口，下至狼、福山，分防六百余里。拟停调广东师船，在湖北造船募勇。清廷上谕：广东红单船三十六艘，势难再令折回。[7]（卷三一九）闰八月，卞宝第奏参红单船各将，称：帮办军务水师总统黄彬安坐瓜洲，不理营务，收取厘金，侵吞肥己。上年六月，游击郭定猷掳劫商船，杀数百人，得数十万，擅禀战胜，奏请奖励。总兵李德麟在通州城外占住民房，纵情声色。总兵陈国泰、赖镇海，游击张瀚皆有通贼之事。吴全美战阵虽勇，然赋性贪猾，纪律不严，不宜专防之事。清廷发上谕：命曾国藩、李鸿章查办。[7]（卷三二二）九月，红单船36艘到上海，李鸿章截之使回，不听，径赴都兴阿、黄彬两处。李鸿章认为“黄彬欲添羽翼，岂肯放回”[10]（卷二）。游击黄联开带勇字船18艘、都司李荣升带仁字船18艘共36艘在都兴阿处报到。[7]（卷三二六）十月，漕运总督吴棠、署道赵炳麟、粮台乔松年、淮扬水师统领黄昌歧皆向李鸿章推荐吴全美取代黄彬。吴全美也写信给李鸿章，说红单船虚糜月饷，无裨实用，应加以整顿；都兴阿改造长龙、炮划，捕杀都司刘大彰，皆黄主谋。李鸿章向曾国藩表示：“暂留粤船即不得不用粤人。”[10]（卷二）十一月，李鸿章奏参黄彬专以设卡网利为事，又拦劫商民，焚毁村庄，掳杀难民，捏报胜仗。广勇犷悍，非粤人不能驾驭，请将黄彬革职，令吴全美接统师船，仍归曾国藩、都兴阿节制。应将旧船裁撤。沿江厘金，可派员稽收，均匀摊放，不准泊防师船分段把持，任意提用。于是，清廷将黄彬革职，交曾国藩查办，由吴全美统领水师。[7]（卷三二七）
同治二年正月，都兴阿奏称各帮师船亟应裁撤，而欠饷甚多，红单船船价、勇粮有欠至二十余月、三十余月者，既裁撤，必应补给，旧欠应由粮台造册，咨交两广总督补发，并先由江苏巡抚筹给一月口粮作为盘缠回粤。拟派参将李新明督同广东师船回粤。请派总兵陈国泰统带回粤。清廷准行。[7]（卷三三二）三月，护王陈坤书率部自天京七里洲北渡，被吴全美等所败。四月，李鸿章在给曾国藩的信中写道：“奉旨饬查大江水师一案……缘吴全美接统后江面渐觉肃静，郭定猷、张瀚等现仍分防，未便追究既往。陈国泰所部济贼多年，兹已遣撤回粤，应予薄惩。泊镇年老勒休，似亦可塞众望。江防吃重之时，无船可替，既用其人，不得不量从末减。且水师藉口饷缺，营规实难深求。”[10]（卷三）五月，湘军水师陷九洑洲，守军2万人阵亡。八月，都兴阿、富明阿奏称：“总兵吴全美自军兴以来，久带水师，转战江南、江北，迭着战功，营规整肃，大小将弁，无不畏服……联络调度一切均合机宜。”[7]（卷三五）九月，曾国藩奏称：“本年三月，有人见黄彬在船宴客，闻即粤逆渠魁。五月内石埠桥甫经投诚之贼在仪征县杨钟琛公寓宴饮，门外拥进多人，询系黄彬水勇来寻贼目索取米帐。并有接济贼米之船经民团查获，该镇辄借词抢案惩办民团。”[11]（卷一九）同治三年四月，清廷调都兴阿为西安将军，以富明阿为江宁将军。富明阿奏称：“江防各帮师船随征十余年，身经百余战，巡防堵截，力保完善……师船一律议裁，似与凯旋无异，可否由臣择尤请奖以示鼓励之处，出自鸿慈。”清廷命“着照所议办理”[7]（卷三七四）。五月，以吴全美为福建水师提督。六月，曾国荃攻陷天京，太平天国政权结束。七月，富明阿奏称：金陵克復，红单船二十五隻，作为头批，令提督赖镇海管带回粤。二批派副将林宜华管带回粤。三批统由提督吴全美统带回粤。[7]（卷三八五）八月，富明阿奏称：吴全美禀：红单船自咸丰三四年间先后奉调出师，由粤而闽而江，十有余年，转战三省，兹幸金陵克復，各船遣散，官弁兵勇，共庆生还，而追念死事诸人，未忍听其湮没，拟捐资在广东顺德建立忠义祠，历年伤亡官兵均准入祀。清廷同意。[7]（卷三九○）十二月，清廷因徐宗干奏请，命福建水师提督吴全美迅速赴任。[7]（卷三九九）吴全美请假三个月回籍修墓。清廷准许。[7]（卷四○