重视政治协商工作
潘汉年十分重视政治协商工作。1949年12月，上海市成立了统一战线性质的市协商委员会，在人民和政府之间发挥桥樑作用。上海市各界人民一届三次代表会议，选举成立了新的协商委员会，陈毅任主席，潘汉年任副主席。下设工商、劳资、税务、文教等5个小组，隶属市协商委员会常委会领导。潘汉年经常参加各个小组的讨论，听取意见，解答问题。市协商委员会每月开一次全体会议，陈毅和潘汉年经常出席会议，和委员们一起协商许多重大问题。参加市协商会议的民主党派、工商界人士都很高兴，认为每次听陈、潘两人讲话，都很“解渴”，能解决一些思想认识问题。
潘汉年注意发挥市协商委员会的民主协商作用。解放初，上海面临各种困难：私营商业缺乏资金，原材料不足，生产停滞，公私和劳资关係紧张等。潘汉年在这方面做了大量的工作，协商解决了不少实际问题。
1950年国家发行人民胜利折实公债，上海成立市推销委员会，潘汉年担任主任委员。动员全市人民认购人民胜利折实公债，解决资金短缺和财政经济困难，是市协商委员会成立后的第一件大事。陈毅曾邀请了几百名工商界人士开会，动员认购，荣毅仁当场认购了很多，但到付款时却交不出来。这时，他说了心里话：我荣毅仁不多购一些，别人还会认购多少呢?潘汉年派人进行调查，得知情况属实，于是就如实向陈毅和来上海调查的陈云汇报上海认购公债工作中遇到的困难。中央了解了上海工商界的实际情况，实事求是地削减了部分认购数目。
进城之初，收税困难，逃税漏税严重，影响国家财政收入。为此，市协商委员会成立了“上海市工商业税民主评议委员会”，吸收专家和工商界人士参加，对税收中有争议的问题进行协商和讨论，协助政府顺利完成收税任务，同时也提高了纳税人对纳税义务的认识。同时，陈毅、潘汉年根据工商界人士的反映，也调整减免了一部分不合理的税收。当时，潘汉年和许涤新还联名写信给陈云，提出了经过调查研究，和工商界协商后的比较符合实际的定税原则，既促进了工商业发展，又达到了公私两利的目的。
上海解放初期开展了抗美援朝、镇压反革命和土地改革运动。市协商委员会推动各界人士积极参加三大政治运动，扩大了人民民主统一战线。1950年下半年，上海掀起了轰轰烈烈的抗美援朝、保家卫国的群众运动。潘汉年被市协商会、各人民团体和民主党派推选为上海抗美援朝分会主席。当时，上海举行了反帝爱国讲座达41次。上海抗美援朝分会发动上海各界捐献飞机、大炮，支援前线。1951年9月12日，潘汉年出席市协商会召开的劳资双方座谈会，会上，他强调指出：必须全心全意地依靠工人阶级。上海原计划捐献334架飞机，计人民币508亿元(旧币)。由于上海抗美援朝分会放手发动群众，依靠广大工人，各界踊跃捐献达8491万(新币)，约合飞机566架。1952年，潘汉年等接见来上海参观访问的中国人民志愿军归国代表团和朝鲜人民访华代表团华东分团的全体代表，向他们讲述了上海人民的这一无私的奉献。
为了推动市郊土地改革，市协商会组织了各界人士二百多人参加市郊土改。通过实践，使各界人士对党的土改政策有了进一步了解，促进了自我教育和自我改造。
1951年上海大张旗鼓地开展了镇压反革命运动。潘汉年向市协商委员会提出建议，成立反革命案件审查委员会，组织各民主党派和各界人士参加对反革命案件的调查审理。对某些案件在量刑上有重大分歧时，或对某一案件认为材料不足等，通过市审查委员会调查核实，作出正确结论。例如申新纺织厂恶霸黄龙华一案，主审人员量刑意见不一。潘汉年得知后，一方面及时做工作，另一方面要市协商委员会组织调查团，由各陪审员、机关、团体代表与报社记者20余人组成，到工厂访问被害者，提讯与黄有关的在押犯，进行深入调查，查明黄犯重大罪行，在量刑问题上取得了一致意见。
巩固发展统一战线
解放初期，上海市协商委员会根据全国政协关于组织各界人士学习《中国人民政治协商会议共同纲领》的精神，组织上海各民主党派、市工商联等二千多人参加了为期一年的学习。针对党内外存在解放后统一战线工作还需要不需要的思想，潘汉年向各界人士作了《关于人民民主统一战线问题》的学习辅导。他着重指出：中国新民主主义革命胜利以后，人民民主统一战线不但需要存在，而且在社会主义改造和建设事业中，统一战线还要进一步巩固与扩大。他指出，由于中国经济的落后，要实现国家的工业化，就一定要让中国的资本主义有一个相当大的发展，才能走向社会主义;民族工商业在五种经济并存中有一定发展前途，但同时存在着社会主义同资本主义的矛盾，工人阶级同资产阶级之间的矛盾，统一战线必须由工人阶级(通过中国共产党)领导。潘汉年还谈了人民民主统一战线内部关係问题，他指出：各个阶级的代表都有依据共同纲领平等发言，共商国家大事的权利。各个阶级阶层在共同纲领的大前题下，都代表着各自的合法利益。在统一战线内部有团结有斗争。
上海解放之