“三杨”之后，阁臣们大体上能融洽相处，但小的衝突也断断续续，从未停止。
嘉靖、隆庆年间，内阁权势加重，阁臣身系天下安危，在内辅助主上，在外统帅百官，俨然真宰相。
时人陈子龙在《皇明经世文编》中如是总结明代内阁发展史：
高皇（朱元璋）诏废中书。文皇（朱棣）政归内阁。三杨秉钧而后。势以益重。至嘉隆之间，几几真相矣。若洛阳（刘健）余姚（谢迁）之谠亮，永嘉（张璁）丹徒（杨一清）之才略，新都（杨廷和）华亭（徐阶）之弘博，新郑（高拱）江陵（张居正）之英毅，山阴归德（沈鲤）之端方，内辅君德，外总机务，朝政之清浊、海内之安危，职任綦重。裒辑尤详。
内阁地位的崇高也使得帝国精英为此明争暗斗。正常状况下，内阁会有多位阁臣同时在阁，遇事一般由首辅先作决定，首辅与皇帝的接触最多，地位远非普通阁臣所能及，所以阁臣之间竞争异常激烈。
嘉靖初年，以大礼议为界限，开启了此后阁臣争夺倾轧之风，此后的首辅无一不是通过激烈的权力斗争，踩着前任鲜血，登上万人瞩目的宝座的。
嘉靖皇帝十六岁以亲王的身份到北京入承大统，他即位后不久，为给生父兴献王上尊号之事，与大臣发生了衝突。
以杨廷和为首的元老大臣虽然依照“兄终弟及”的祖训拥立嘉靖皇帝，却把嘉靖看作是一代贤君弘治皇帝的过继皇子，坚持嘉靖尊弘治皇帝为父，而以生父为叔父，遭到嘉靖的强烈反对。
君臣矛盾从此日益尖锐，新皇帝与旧大臣之间展开了一场旷日持久的全面较量。强权压倒纲常，嘉靖在新科进士张璁、桂萼、方献夫等人的协助下，运用廷杖、镇压等极权手段取得最终胜利，正式颁诏定大礼，改称孝宗为皇伯考，生父为皇考，并追尊为睿宗，入祀太庙。
同时，重定礼议诸臣之罪，退休的杨廷和被定为罪魁，被削籍为民。至此，君臣争执数年的大礼议之事尘埃落定。
礼议不仅是礼法意识形态的争论，更是帝国最高权力的重新洗牌。一批下层官僚很快取代前朝老臣，成为决策的核心人物。
张璁由于襄助嘉靖皇帝礼议有功，六年之内就走完别人二十年都未必能完成的奋斗历程，官居一品，入阁拜相。张璁入阁不久，桂萼也追随他的脚步，以吏部尚书兼武英殿大学士入阁参与机务。
儘管张璁在大礼议中比较投机，但他作为新进官员，尚未沾染官场陋习，颇具革除弊政的勇气。张璁秉政，锐意任事，辅佐嘉靖皇帝在政治、经济、文化等领域都推行一系列革故鼎新的政策，与后来的张居正颇有相似之处。
张璁与张居正都是辅佐幼主、锐意改革而大披圣宠的重臣，甚至身后谥号都同为“文忠”，明朝因此有了两位张文忠公。相传，孤傲冷峻的张居正极为推崇张璁，在他主持修撰的《世宗实录》中对其讚誉有加。不过，张璁以及桂萼是以迎合皇帝作为发家资本，且在科举考试中名次不佳，因此成为士大夫眼中的佞臣，其人品受到举国上下的鄙视，由此恶性循环，这两个人更是拼命地巴结嘉靖皇帝，巩固权力，打压异己。
就这样，朝廷中形成两大敌对势力，彼此猜忌、攻击，官场倾轧激烈。张居正入仕的时候，内阁与六部、僚属之间就是处于这种钩心斗角、明争暗斗的气氛中。
话说张璁一党把持内阁七八年，一时风头无两，直到嘉靖十四年（公元1535年）春，张璁得疾，被护送回乡。当蛮横的张璁退出以后，本以为朝堂之上会就此平静，然而夏言入阁后，朝中衝突反而更加激烈，远超张璁时期。
小小一内阁，各派力量轮番兴起，各色大旗往復变幻。
先是夏言与李时、翟鉴之间的暗斗，以夏言被罢、严嵩入阁告一段落；不久，严嵩又打败翟鉴，翟鉴被削职为民，严嵩一党占了上风；直至嘉靖二十四年（公元1545年），夏言復职，再次入阁，内阁中形成夏言、严嵩对峙的局面。
夏言豪迈多才、纵横善辩，在入阁之后，他任用曾铣总督陕西三边军务，计划收復被鞑靼占领的河套地区。曾铣屡战屡胜，获得嘉靖皇帝的讚赏，嘉靖也因此更加器重夏言。这引来次辅严嵩的嫉妒。
严嵩摸透了皇帝的心思，利用嘉靖对鞑靼的恐惧心理，进谗挑拨离间，说夏首辅收復河套、对鞑靼用兵，实在是穷兵黩武、混淆国事。
天助严嵩，恰逢此时鞑靼进犯大同、永宁、怀来等地，京师告急，嘉靖深惧北方的游牧民族打进都城。严嵩见此机会，开始猛攻夏言，他危言耸听地向嘉靖皇帝报告：夏言、曾铣祸国殃民，是他们导致鞑靼入侵、生灵涂炭。
嘉靖勃然大怒，一气之下把夏、曾两人逮捕问斩，昔日风光无限的政坛大佬顷刻间变成身首异处的冤鬼。
外宽内狠的严嵩就这样斗倒了骄盈刚愎的首辅夏言，夏言也成为有明一代唯一被公开杀头的内阁首相。夏言倒了，严嵩顺理成章地爬上了首辅的职位。
小翰林的蛰伏
再来说张居正。翰林的身份让他接近了首辅理想，却也触及了现实政治，亲眼所见的真相使渐近的理想变得更为遥远，拉大的心理落差激出了张居正胸中的不平。
对于夏言和严嵩的斗争，愤怒也好，惋惜也罢，张居正作为新科进士，没有任何发言权，他只能默默观察时局。在纷繁复杂的政治环境里，他必须蛰伏以待，从容缓进。