相比主抚派而言，主剿派并不是完全扼杀破产农民的活路，而是从较为实际的角度出发考虑问题。“寇”虽然来源于农民，但成为了寇，则起了质的变化。“寇”的特点是流动性强，为了避开帝国军的优势兵力，不得不四处逃窜，破坏了当地的治安，又煽动当地农民造反。杨鹤主抚以来，寇虽散回原籍，仍然劫掠，反而成了“官寇”，影响恶劣。主抚政策招致地方官员和乡绅的强烈反对，也正是由于这个原因。
从后世的角度看，主剿也未必没有道理，主剿则是把起义军扼杀在摇篮中，主抚反而养虎为患了。
在农民军起义初期，山西乡绅曾经记录过一个“流寇”首领名单，为：
“紫金梁其首也，余八大王（张献忠）、扫地王、邢红狼、黑煞神、曹操（罗汝才）、乱世王、闯将（李自成）、撞塌天（当即闯塌天刘国能）、满天星、老回回（马守应）、李晋王、党家、破甲锥、八金刚、混天王、蝎子块、闯王（高迎祥）、点灯子（赵胜）、不沾泥（张存孟）、张妙手、白九儿、一阵风、七郎、大夭王，九条龙、四天王、上天猴（刘九思）、丫头子、齐夭王、映山红、催山虎、冲天柱、油里滑、屹烈眼（当即革里眼贺一龙）。”
我们可以发现，在帝国后期成名的“巨寇”，诸如李自成、张献忠、罗汝才，以及马守应、贺一龙等人，都是在初期就崭露头角，久经沙场，才成长为终结帝国的领袖人物。按照主剿派的观点，在这些造反者形成气候之前，就全力击杀了他们。试想，如果没有了李自成、张献忠、罗汝才这些人，帝国虽然未必能避免最终灭亡的命运，但压力能够减轻许多吧，很有可能会延长十几年的寿命，绝不至于在崇祯十五、六年就不可收拾。
“崇祯八年八月，以卢象升为总理，与洪承畴分责东南、西北的剿除农民军战事”，帝国末期的两位杰出军事人才，此番一起上阵，联手绞杀农民起义。其中，“洪承畴督剿西北，卢象升督剿东南”。
崇祯八年底到崇祯九年上半年，卢象升所负责的河南、安徽、湖广等地域之主要对手是闯王高迎祥。洪承畴所负责汉中、西安、延安等地域之主要对手是李自成、过天星。
洪承畴，字亨九，福建南安人。万历四十四年进士；卢象升，字建斗，宜兴人，天启二年进士。两位都是文官中难得的将才。
洪承畴是明末颇有争议的人物，但其政治才干和军事能力不容置疑，在明帝国晚期和清帝国初期，都立下了赫赫功劳，可谓真正的国之栋樑。
杨鹤被革职后，洪承畴取代其为陕西三边总督，“督诸将曹文诏、杨嘉谟剿贼，所向克捷，陕地略定。”
但农民军失之东隅，收之桑榆。陕西虽然被平定，山西又爆发了大规模的起义。然而在当时，无论陕西还是山西，依然是属于一隅之地，直到崇祯六年十一月二十四日，农民军渡过黄河天险，这才真正活动于明帝国的腹心地区，给明帝国造成致命伤害，帝国也不得不动员全国的力量来对抗极度危险的敌人了。
从整体形势上看，农民起义发展越来越壮大，但在洪承畴控制的地域，起义还是受到了扼杀，在崇祯十一年，李自成受到了洪承畴的重击，几乎被全歼。洪承畴部只是因为走错了路才错过抓获李自成的机会，洪承畴懊悔的上书说：
“夫闯将为诸贼中元凶，仅领三百丧败之众抱头鼠窜，诚数年未有机会，即穷日夜之力，身先士卒，不顾性命，以擒斩此贼，亦是应得责任。无奈计算不到，追赶不紧，使元凶脱然远逝。目前既不成一股完功，将来尤必费兵力扑灭。光先何所辞责?”
虽然洪承畴没有能彻底的斩草除根，但崇祯十一年冬到崇祯十三年冬这两年时间，李自成都销声匿迹，没有喘过气来，这份功劳还是得归功于洪承畴的。
卢象升，“白皙而臞，膊独骨，负殊力”，他不仅仅是难得帅才，更有一身好武功在身，作战勇猛。（卢象升个人的勇敢，这是洪承畴所不能及的，当然，洪承畴的长处在于调度各方力量，却也不是卢象升所能做到）
《明史卢象升传》记载：“象升每临阵，身先士卒，与贼格斗，刃及鞍勿顾，失马即步战，逐贼危崖，一贼自巅射中象升额，又一矢仆夫毙马下，象升提刀战益疾。贼骇走，相戒曰：‘卢廉使遇即死，不可犯。’”
卢象升悍勇异常，如崇祯六年底的郧阳战事，对手很强大，但在卢象升的硬碰硬打击下，还是取得了胜利，事后卢象升回顾说：“郧事之难、之苦，海内所无。两月来督剿流寇，九战皆捷，斩首万余，地方已敉平矣。所难者收拾破残，图维善后耳。”
崇祯八年，受命于危难之时的卢象升立即赴任不久，对当时形势进行分析。上疏曰：
“两月来奔驰于汝、宛、河、雏之间，万分忙苦。贼多而且横，前后俘斩虽有数千，尚非荡平胜着。必于（九年）正、二、三月内先剿尽闯王一股，余贼方可次第歼散。闯王之贼大约有七万余，妇女可一、二万，丁壮可一、二万，精骑可三、四万。此贼不让安、史，庙堂或未之深知耳。顷自秦中洪亨老(指洪亨九，即洪承畴)与之大战三次。近入豫地，某与之大战两次。计禽斩死伤逃散可二万计，现今尚有五万，依然劲敌也。又他贼五、六股，见剿兵渐集，皆与闯贼合群，是以势益多。”