皇帝发布圣谕，令军士传谕各省府县衙门，教城中四处张贴告示“方今天下太平，天子圣明，四方沐浴圣恩，然少数臣民不服教化，相聚为盗，假以白莲邪教之名，破坏法制，滋乱扰民，着令各府县衙门全力剿捕，私民若有不报者，以罪罚，敢有抗旨不尊者，杀无赦，务必全教拿获，毋使一人漏网”。于是各处府县衙门纷纷派出官兵捕快人等，凡是白莲教人悉以尽拿，即使与白莲教人稍有关联的也不放过。当下传教使刘松、刘之协、宋之清在湖北、四川、安徽等地传教时相继被捕，手下教众被捕者以数万计，尤以川、鄂、陕、甘、豫五省势头最盛，不久传出教主樊明德在河南遇难的消息，南阳分坛一并被清廷摧毁。白莲教众人一面被清廷催逼不过，纷纷暂时归隐躲避风头，一面因教主和传教使被捕群龙无首而焦急，个个束手无策，只得各归本部暂时停止一切教中活动，待风声过后徐图商议个计较。幸得传教使刘之协在押解赴京途中打伤押司趁机逃走，重归襄阳总坛，群雄遂以刘为代教主，日后可正式再推选。刘之协一面传令教各分坛坛主严守本坛，部下暂时不可随意活动，一面召集八位护教使商议举兵起义之事。
在清廷的严厉打击下，起义提前进行了。教徒张汉朝逃往黄龙，与身边众兄弟举事，杀死当地乡绅，收编当地乡勇、团练，占领当阳城。乾使姚之富、坎使王聪儿逃往夹河州，率手下教众攻打保康城，以为落脚之地。邓州分坛坛主高均德率部下起义于高家湾，因邓州府衙加强戒备，久攻不克，起义军不敌，于是南撤。此时乾坎二使部与张汉朝部回守襄阳，一月有余，此三军汇聚于襄阳吕堰、双沟地区，人众十万，竖起四面大旗，每旗上书四字曰“朝政不明”“民不聊生”“官逼民反”“顺天倡义”，所有起义队伍，不论男女悉以白布缠头做记认，时人号称“白巾军”，其余义军都做效仿。时势紧急，长阳分坛坛主林之华、长乐分坛坛主覃加耀、枝江分坛坛主聂杰人、宜都分坛坛主张正谟接踵而起，各地散兵游勇，如当阳、来风、竹山、孝感等地也纷纷响应。一时间大有天下大乱、改朝换代之势，朝廷六部炸开了锅，嘉庆皇帝焦头烂额，紧急军情从各地不断传来。
其时乾隆早已退位，当朝皇帝正是年满三十六岁的嘉庆帝，可实际朝政仍由太上皇在后宫掌握。乾隆急调陕西、广西、山东清兵七千人，会同湖北、四川清军共万余人，由都统永保、湖广总督毕沅指挥，着湖北巡抚惠龄、四川总督英善、河南巡抚景安、陕西总督宜绵共同剿灭叛军，实行分区围攻。各地白巾军修筑寨垒，据险防守，清军兵少分散，进攻多受挫。随后清廷增调直隶、山东、山西兵各两千，京师护卫营、火器营兵六千来援，命永保统一指挥各军。正当清军战襄阳时，兑使徐天德率众数千，于九月十五日起义于亭子浦，坤使冷天禄、离使王三槐起义于莲池沟，四川巴州分坛坛主罗其清、通江分坛坛主冉文俦、甘肃陇南分坛坛主马学理，陕西安康分坛坛主樊人杰、河南泌阳分坛坛主舒啸、唐河分坛坛主王侃、桐柏分坛坛主陈影等先后响应，一时间，共有义军十余支，各有众数千，独以襄阳白巾军人数最多，实力最强，概以白巾裹首，分据山区险要，筑垒防守。四川总督英善着成都将军勒礼善率兵进击东乡，在娘娘庙老营湾两次受挫被歼数千，白巾军遍布川东川北。此后清廷出动二十万大军，分三路进击，襄阳白巾军被围攻，损失巨大。传教左使刘之协遂改据守寨垒硬拼战法为流动游击战法，分三路经河南、陕西转移四川。沿途不迎战，不走平原，唯数百为群，忽分忽合，忽南忽北，伺机以伏击、突袭破清军。行军途中秦岭大批流民加入义军队伍，于六月二十三日到达东乡，至此襄阳白巾军、四川白巾军会师，以渝州城为总坛。
初时乾隆满怀自信，以为行军策略布置已当，征调二十万大军镇压白莲教叛军，不出半年叛乱可平。此时边廷又传来八百里急报，湖南苗疆叛乱。乾隆闻此消息，急火攻心，立即昏厥，此后几日卧病在床。其实福康安已死，满朝难寻良将，朝廷开始整顿吏治，严惩贪官污吏，户部尚书九门提督大学士兼军机大臣和珅落马，其财产八亿两白银皆被官府没收，小部分归国库，大部分收入官帑，时人谓之“和珅跌倒，嘉庆吃饱”。嘉庆宣布和珅二十大罪状，将其诛杀。乾隆在病床上听得各种不利于己的噩耗接踵而来，一方面自己最宠信的大臣和珅被诛杀，这不明摆着说太上皇昏聩糊涂，宠信奸臣么？一方面白莲教叛乱未除，而苗疆叛乱又起，倘若朝廷失败，大清江山岂不是毁于自己之手么？乾隆满怀对白莲教起义的惊恐和焦虑，手指西南方向，龙驭上宾，享年八十九岁。
在那武当山上，道观掩映在崇山峻岭之中，周围松柏长青，山风习习，呼吸通天，晴雨四时，景色变化不一。晴时阳光透过树林，洒在地上斑斑点点，曲径通幽，雨时山顶云海翻腾，形状万千，别有一番景致，山林四时花开花落，一枯一荣，虽颜